在农村民主管理实践中，村委会和村集体经济组织的关系常常纠结不清，带来了一系列亟待理顺的问题。
按照现有的法律规定，村委会和村集体经济组织是两个独立组织。根据《村委会组织法》，村民委员会是村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织，实行民主选举、民主决策、民主管理、民主监督，是我国农村实行的村民自治制度的主要组织载体。而根据《宪法》和《农业法》等法律，村集体经济组织则是我国农村集体经济制度的主要组织形式。我国农村的基本经济制度是“农村土地集体所有制”和“家庭承包、统分结合的双层经营机制”。农村集体经济组织是农村统分结合双层经营机制中“统”的功能的承担者，大致可以分为乡镇、村和村民小组三级。按照丁关良提供的数据，1999年全国有农村社区性的合作经济组织233.4万个，其中乡（镇）一级3.7万个、村一级70.6万个、组一级149.1万个，分别占乡（镇）总数的82.5%、村总数的96.2%、组总数的27.9%。因此，在村一级，既存在村委会，也存在村级集体经济组织，前者是农村群众的自治组织，后者是具有独立进行经济活动自主权的经济组织，两者之间并不存在行政上的上下级关系。
但是现有法律规定在两者职责权限上存在交叉重叠的问题。依据《农业法》，农村集体经济组织的主要职能是做好集体资产的管理工作，使集体资产得到合理利用和有效保护，并确保集体资产的保值增值。农村集体经济组织的集体资产包括：法律规定为集体所有的土地和森林、山岭、草原、荒地、滩涂等；集体经济组织的财产；集体所有的建筑物、水库、农田水利设施和教育、科学、文化、卫生、体育等设施；集体所有的其他财产。对此，《村委会组织法》也予以肯定：“村民委员会应当尊重集体经济组织依法独立进行经济活动的自主权，维护以家庭承包经营为基础、统分结合的双层经营机制，保障集体经济组织和村民、承包经营户、联户或者合伙的合法的财产权和其他合法的权利和利益。”这一规定应当说明确了村委会和农村集体经济组织的关系。但是该法在同一条中又规定：“村民委员会依照法律规定，管理本村属于村民集体所有的土地和其他财产，教育村民合理利用自然资源、保护和改善生态环境”，从而造成了村委会职权与农村集体经济组织职权的交叉。据此，村委会在集体土地等资产的管理方面，可取代村集体经济组织。不仅如此，村委会和村集体经济组织职能交叉的规定在多部法律中都有体现。比如，《土地管理法》第十二条规定，国家所有依法由农民集体使用的农村土地，由使用该土地的农村集体经济组织、村民委员会或者村民小组发包。又如，《民法通则》第七十四条规定：集体所有的土地依照法律属于村农民集体所有，由村农业生产合作社等农业集体经济组织或者村民委员会经营、管理。
