按照上述法律规定，可以由村委会实施也可以由村集体经济组织实施的事项，究竟该由谁负责？会不会带来“大家都负责，大家都不负责”的问题？如何防止推诿扯皮的情况？张丽琴指出：一些省（市、自治区）的地方立法中对此问题作了进一步明确，大多认为农村集体经济组织应当独立行使经济管理职权，但是在尚未设立集体经济组织的农村中，由村委会行使相应的权力。如《甘肃省农村集体资产管理条例》规定，农村集体经济组织在遵守国家有关法律、法规的前提下，制定组织《章程》，实行民主管理，依法选举和罢免管理人员，决定经营管理的重大事项，有独立进行经济活动的自主权，行使集体资产管理、使用、收益、处分权。尚未成立村集体经济组织的，由村民委员会暂行村集体经济组织的职能。在实践中，虽然绝大多数地方都成立了村集体经济组织，但是其功能虚化、弱化，村委会替代村集体经济组织的情况十分普遍。
鉴于这种情况，有人提出要扩大村民委员会的经济功能，使之向集体经济组织方向发展。在近来的《村委会组织法》修订中，也有人主张明确村委会主任作为村集体经济组织法人代表的法律地位。这些主张的实质是将村委会和村集体经济组织合二为一。其理由主要是，既然在许多地方村委会已经在事实上替代了村集体经济组织，干脆就从法律上予以确认，以避免法律规定和法律实践之间的冲突，而且合并后也可以减少人员，节省开支，减轻村级负担。对此，笔者不敢苟同。
从理论上看，村委会和村集体经济组织虽然都以建制村为地域范围，以该地域范围内的农民为其成员，但是它们的性质不同，两者有着不同的组织目标、价值诉求和运作逻辑。村委会虽然在法律上定性为群众自治组织，并不是政治组织，但是它与一般的自治组织有着很大的不同。首先，村委会的成立并不是基于自治组织全体成员的共同意志，而是按照法律规定必须设立的，村民也没有加入和退出的自由。《村委会组织法》第八条规定，“村民委员会根据村民居住状况、人口多少，按照便于群众自治的原则设立。村民委员会的设立、撤销、范围调整，由乡、民族乡、镇的人民政府提出，经村民会议讨论同意后，报县级人民政府批准。”根据此项规定，村委会设立的提出和批准都是由政府决定的，村民的共同意志并不起决定性作用。其次，村委会承担了很多政府职能，如协助政府完成各项任务，提供社区公共服务等。按照宪法和《村委会组织法》，村委会要办理本村的公共事务和公益事业，调解民间纠纷，协助维护社会治安。乡镇政府与村委会之间虽然不是领导与被领导的关系，但是村民委员会有义务协助乡镇政府开展工作。因此，在一定意义上，村委会是一个准政府性质的公共权力机构。许多外国学者也因此将村民自治理解为“地方自治”。
村委会的公共性决定了它的组织目标是为村庄社区内的所有成员提供同等的公共服务，公平正义是它的价值诉求，民主是它的运作逻辑。这就是为什么《村委会组织法》规定村委会实行“民主选举、民主管理、民主决策、民主监督”的原因。而村集体经济组织的性质是经济组织，它的组织目标是追求经济利益的最大化，即做好集体资产的管理工作，使集体资产得到合理利用和有效保护，并确保集体资产的保值增值。
