2001年底，中央下发了《关于做好农户承包地使用权流转工作的通知》（中发［2001］18号），明确提出了规范土地流转的要求。文件下发后，江苏、浙江等沿海经济发达地区和四川、重庆、黑龙江等劳动力转移较多的地方农户承包地流转规模相对较大。
2004年，国务院颁布《关于深化改革严格土地管理的决定》。其中第二点“加强土地利用总体规划、城市总体规划、村庄和集镇规划实施管理”中有提到“引导新办乡村工业向建制镇和规划确定的小城镇集中。在符合规划的前提下，村庄、集镇、建制镇中的农民集体所有建设用地使用权可以依法流转。”
《关于深化改革严格土地管理的决定》推出后，我国沿海各省市开始了局部和区域的农村建设用地使用权流转试验，并且取得了一定的成效，解除了农民外出务工就业的后顾之忧，对农业和农村发展发挥了积极作用。
但受法律法规不健全和管理工作滞后的影响，土地流转普遍存在着不规范的问题，比较突出的有：
一是农户间土地流转多属口头协议，增加了纠纷陷患。浙江、广东、山西省口头协议都占50%以上，青海、甘肃等地主要是口头协议。
二是强迫农民流转承包土地的问题仍比较突出。发包方、乡镇政府代替农户签订土地流转合同，强迫农户把承包土地流转给开发商等问题已成为农民信访比较突出的问题之一。
三是借用土地流转改变土地农业用途。一些地方政府、村委会绕过建设用地管理规定，借用土地流转名义，将流转的土地用于非农建设，谋取私利。
2005年，农业部第二次常务会议通过了《农村土地承包经营权流转管理办法》，并于2005年3月1日开始施行。这是我国第一篇全面的正式的关于土地流转的管理条例。
《农村土地承包经营权流转管理办法》颁布后，土地流转正式走进我国新土地改革历史的进程。全国各地农村土地流转开始试点进行，各地的土地流转服务单位也开始出现。农业部通过的《管理办法》在一定程度上解决了农民行使土地流转时可能面临的诸多问题。譬如，当农民转包或者互换土地时，如果发包人为不同的集体经济组织，必然面临着转包或者互换合同的效力问题。
