农民专业合作社发展存在的主要问题，当前农民专业合作社指导工作中存在重发展、轻规范，重数量、轻质量，重项目安排、轻运作指导的问题，具体表现在：
一、社会认知度不高
（1）农户认识不高：部分农民群众对农业合作社的性质认识不清，以为加入组织就是简单的“归大堆”，“合伙干”，甚至认为是回到“大集体”时代，从而怕失去生产经营自主权。
（2）发起人理解不深：缺乏合作意识，偏离立法初衷。一些农业规模企业设立合作社的目的是为了利用国家优惠政策，套取国家补助资金，从而组织当地农民凑人数设立合作社，这种合作社只具法律形式，成立后并没有按合作社的章程进行运作，更没有以合作社的名义开展农业生产经营活动，合而不作，成为“空壳合作社”。还有一些农民专业合作社则是以家庭人员出资，合作社的运作、利润分配往往由一个人说了算，成为“一人合作社”。
（3）乡村干部重视不足：少数乡村干部对发展农业合作社认识不高，缺乏切合实际的发展规划，发展思路不清晰。重视程度不够，在指导、扶持和服务农业合作社发展方面不够有力。
二、合作社自身存在问题
（1）、缺乏运行规范，内控形同虚设。相当一部分专业合作社虽然设立时有规范的《章程》、明确的分工和完善的机制，但大多流于形式，停留在字面上。很多农民专业合作社由于主客观条件的限制，如成员文化程度低、小农意识强、民主意识缺失、管理水平差，虽然依据章程设立了各项组织机构和各项制度，但能真正发挥作用的寥寥无几，可操作性不强，限制了合作社自身的发展壮大，这种情况的存在必然导致管理行为的随意和经营行为的混乱。由于内部运行机制极不规范。多数农民专业合作社管理体制不健全，内部控制机制薄弱，运作和管理随意性较大，社员受益小，虽然在服务受益不同程度上得到了体现，但资金受益总体上仍显不足，专业合作社对社员的二次分配的比例较小，严重制约了专业合作社带动功能的充分发挥。同时发展思路不清晰，有的有章程无制度，有的有制度得不到落实，“内部控权”问题严重，有些专业合作社仅仅停留在农产品初级生产阶段，在加工销售理念上未融入市场经济，不利于市场竞争。
（2）、缺乏各类人才，缺乏核心竞争力。人才缺乏、科技水平低。大部分没有专业人才，虽然都是种植多年的种植户，有一定的实践经验，但缺乏理论知识和新科技知识。由于农民专业合作社参与者大多是农民，合作社的负责人一般由所在村组负责人或当地的种养殖大户担任，靠长久积累的经验做事，难以适应现代农业规模化生产的要求。大部分合作社依据当地特色资源优势发展经营，由于自身认知的局限，对如何将产业做大做强以及对合作社和产品的定位模糊不清，对创优创牌方面的意识相当缺乏,从而导致产品缺乏核心竞争力。
特别是办社人才严重缺乏。目前，大多专业合作社是围绕当地优势主导产业组建的，很少围绕“产业能人”。专业合作社的领导层基本由所在村的村干部，或是自身素质稍微突出一些的成员担任，其中管理层大专以上学历人数基本没有，合作社内懂得经营善于管理的专业人才尤其是能带动产业发展的加工型企业的产业领军人才严重缺乏。甘于满足现状的小农意识进一步制约了专业合作社的发展壮大。
（3）、缺乏资金扶持，发展难有后劲。从目前运行的合作社看，不仅数量少、规模小、组织化程度低，还缺乏外部力量的扶持，尤其是各大商业银行的信贷支持。如《农民专业合作社法》规定财政应适当安排资金，支持农民合作组织的建设，以促进农民合作组织发展的各项配套政策迟迟不能到位。。因农民专业合作社成立时间较短，又是新生事物，目前尚处在起步发展阶段，政府部门对农民专业合作社的认识不到位，扶持的力度不够，没有把农民专业合作社的发展摆上议事日程。特别是融资渠道狭窄，举步艰难。农民专业合作社作为一种新兴的经营组织，一般自有资金来源于入社农民缴纳的会费，资金实力非常有限，融资渠道相当狭窄，季节性资金需求矛盾十分突出，而各类商业银行基于专业合作社运行的不可预知性，出于自身资金安全原因，往往不愿意向专业合作社发放贷款，致使农民专业合作社无法上档次、上规模。
（4）、合作社管理机构不够明确。目前有工商局、农委、农业局、供销社、农经中心都在管理合作社，造成多部门管理，表面上有多个婆家，实际上变为没人管的状态，不利于合作社的有序、壮大发展。
（5）、规模还比较小，作用发挥不够充分。因农民专业合作社成立时间较短，又是新生事物，目前尚处在起步发展阶段，对产业化经营中的促进作用还不大，合作社的龙头、桥梁和纽带作用还没有得到充分体现。部分群众对专业合作社的认识还比较模糊，往往把其与原来的村集经济组织混为一谈，因此对入会的兴趣不高，参与的积极性不强，从而导致专业合作社发展缓慢、会员偏少。因规模较小，带动性不强。这次调查的农民专业合社，注册资金为100万元以上，且从业人员为20人以上的不多，而大多数合作社注册资金在10万元以下，且从业人员为5人下，由于它们大多规模偏小，自身经济实力不强，首先社员与专业合作社之间联系不够紧密，没有形成真正的利益共同体；其次专业合作社之间缺乏必要的再联合，参与市场竞争和抵御市场风险的能力较弱，不能充分发挥其带动作用；最后是由于它们多数停留在种植、养殖等一些低层次服务上，合作层次不高。在标准化生产、产品深加工、市场开拓等方面很少涉足，抵御市场风险能力和竞争力弱。很难适应越来越激烈的市场竞争。
（6）、缺乏有效的自我发展机制。农民专业合作社为社员服务以无偿服务为主，没有自主经营创收能力，导致合作社运转困难。如引进新品种、新技术的试验、示范、技术培训、市场开发等工作资金严重不足，影响了农民专业合作社活动的拓展。
（7）、是依赖现象十分突出。目前，农民专业合作社都希望政府资金扶助，依赖现象十分严重，还有的农民专业合作社自己不想办法，在筹备阶段就要求政府注入启动资金，否则无法启动。另外由于是财政资金补贴过小，合作社的健康发展离不开政府资金的扶持和引导，但目前许多政府受财力所限，在资金扶持、信息、技术、管理服务等方面扶持和引导力度不够，在补贴对象上，偏重于补贴那些有经济实力的农业龙头企业合作社，能够得够政策补贴的只占20%左右，其它80%规模较小的的农民专业合作社只能另谋融资渠道。
（8）、专业技术服务能力待于增强。提供有效的专业技术服务，实现“合理安排生产流程、大幅降低生产成本”的目标，是合作社的重要职能。但是从调研了解的情况来看，大部分合作社还存在着专业技术服务能力待增强的问题，造成这一问题的原因是多方面的。（一）专业技术服务人员的数量严重不足。专业技术服务人员是合作社的核心人员和重要财富，足够的技术服务人员是做好专业技术服务的必备条件。但是从调研了解的情况来来，部分合作社的技术人员数量严重不足。大部分合作社往往只有不超过两名技术人员，每名技术人员负责指导的田块面积往往超过100亩。（二）专业技术服务人员的技术水平普遍偏低。专业技术服务人员的技术水平往往直接决定了合作社的技术服务能力。调研中发现主要表现在以下几个方面：1、部分技术人员学历层次较低，限制了相关新技术的推广。较低的学历层次和较为薄弱的文化基础，限制了其及时掌握相关领域的最新技术，严重阻碍了相关新技术的推广。2、部分技术人员思想守旧，缺乏快捷获得相关技术资料的方法。调研发现，80%以上的技术人员获取相关技术资料的方式仍是传统的书籍、报纸、面授等方式，能熟练使用互联网络、科研资料数据库等高科技术段获取技术资料的仅占的比重不到5%。传统的技术资料获取方式，使部分技术人员难以及时掌握本领域内的最新研究成果，造成了技术人员的知识储备和作业技术长期得不到更新、面对新情况和新问题应对乏力的问题。3、有些技术服务人员是从外省请来的种地的农民，全靠经验来指导，遇到新问题就束手无策。
（9）、服务范畴待于拓展。调研发现，部分合作社在服务范畴上还比较狭窄，往往只能做到在某个产品的某个环节上提供较为有效的服务，无法提供全流程上上的有效服务，主要体现为缺乏对产品销售与深加工的介入。大部分合作社目前采用的是“统一订种——统一种植——统一管理——统一收获——自行出售”的服务模式，服务的范畴主要集中在对生产过程的优化上，虽然也在一定程度上降低了生产成本，提高了经济效益，但是对产品的销售与深加工涉足还比较少。一方面，产品往往由各会员自行出售，由于每笔的交易量较小，会员往往无法获得较为优惠的成交价格，难以按产品既有价值最大化的原则实现成交。另一方面，尤其值得注意的是，合作社往往很少涉及产品的深加工，那些进过一些并不太复杂的工艺就可以被开发出的产品的潜在价值往往被放弃，给会员和合作社造成了令人极为惋惜的损失。再一方面，就是合作社应有的提留积累无法提取，对合作社的日常管理和可持续发展不利。
（10）、市场主体地位待于增强“发扬体量优势，提高谈判地位”是合作社的重要的职能和利润来源，但是从调研的情况来看，部分合作社的市场主体地位还比较薄弱，在交易中的谈判地位还有待于增强。从生产资料的采购来看，大部分合作社的采购渠道还处于物流链的下端。一般都是从各厂家的县级代理商处间接采购的，而不是从厂家直接购进，尚不能做到“点对点”的交易，采购成本仍然有压缩的空间。从最终产品的销售来看，大部分合作社的“体量优势”没有得到充分发挥。一方面，大部分合作社采用的仍是会员自行分散销售产品的模式，这使合作社通过签订“大合同”的方式来提高销售价的方式完全无法实现。另一方面，即使采用“统一销售”模式的合作社，由于对市场信息的掌握不够及时、为了取得“保底收入”而预先签订收购合同、缺乏必要的谈判技巧等原因，也往往难以充分实现“最高价成交”的目标，使一部分利润“外流”。
有关建议
在体制方面
一、充实完善农民合作社主管部门的编制和人员，改变目前市、县（区）、乡镇的管理人员偏少、忙于应付的情况。
