果树虫害很多，但真正能造成危害的害虫不多，也不难防治。把病虫害防治工作尽量做在发生之前，这是防治的关键。有机果园病虫害的主要防治策略有：严格检疫，阻断病虫害的侵入;通过改善生产地的环境条件预防病虫害的发生，如构建合理的树形并加大修剪量提高果树的通风透光能力;采用生物措施防治病虫，选育抗性强的品种和砧木，保护和利用天敌进行防治害虫;也可以利用非合成物质防治病虫，如刮树皮、诱集、诱捕、趋避、人工或机械除草。使用酒精、氧化物和过氧化物进行消毒;使用氨化皂趋避动物，但不可与土壤和果实接触；可用硫酸铜、石灰水、过氧化氢、石硫合剂防治病菌。
1、植物检疫。植物检疫是指一个国家或地区由专门机构依据有关法律法规，应用现代科学技术，禁止或限制危险性病、虫、杂草等人为的传入或传出。或者传入后为限制其继续扩展，所采取的一系列措施。植物检疫分对内检疫和对外检疫。对内检疫的主要任务是防止和消灭通过地区间的物资交换、调运种子、苗木及其他农产品、园艺产品贸易等而使危险性有害生物扩散蔓延。故又称国内检疫。对外检疫是国家在港口、机场、车站和邮局等国际交通要道，设立植物检疫机构，对进出口和过境应检疫的植物及其产品实施检疫和处理，防止危险性有害生物的传人和输出。
2、栽培措施。栽培控制技术是通过适宜的栽培措施来压低有害生物的数量，提高植物抗性，有目的地创造有利于作物生长发育而不利于有害生物发生的果园生态环境，直接或间接地消灭或抑制有害生物发生与危害的方法。比如采用高光效树形，进行避雨栽培等。其优点是贯穿在整个果品生产环节中进行，不需要过多的额外投入就能达到目的，且与其他控制措施，如化学控制、生物控制、生态控制、物理控制等措施相配套，易于推广。但也有局限性，如控制效果慢，对暴发性病虫害的控制效果不大，具有较强的地域性和季节性，常受自然条件的限制等。
根据植物生长规律，可以知道，植物种类多，群落结构复杂，种群密度和群落结构能较长时间保持稳定。因为物种的减少往往使生态系统的生产效率下降，抵抗自然灾害、外来物种入侵和其他干扰的能力下降。而在物种多样性高的生态系统中，拥有着生态功能相似而对环境反应不同的物种，并以此来保障整个生态系统可以因环境变化而调整自身以维持各项功能的发挥。因此，要利用植物可以通过化学信息来完成种间的竞争，也可以通过化学信息来调节种群的内部结构的特点，将能够相互促进的植物一起种植，避免将相互影响的植物一起种植。在果园种植大葱、大蒜等有异味的植物可趋避很多害虫;可是将胡桃与苹果种在一起，将会对苹果起到毒害作用。
3、物理机械措施。物理防治主要包括温度处理、光波的利用、射线处理。机械防治主要有机械防治、捕杀法、诱杀法、阻隔法、外科手术等。安全果品主要的物理机械措施就是物理隔离，通过加强对果树害虫危害习性的分析，有效设计病虫害阻隔物。比如：当前我国大多数地方采用水果套袋的办法，这样，一方面，可以保证果实的外观。另一方面，还可以有效地阻止病虫的侵入。又比如：搭建防虫网等，可以有效防止病虫危害。
4、生物防治。生物防治是以有益生物及其代谢产物控制有害生物种群数量的方法，主要方法有：以虫治虫、以菌治虫、有益动物治虫、昆虫激素治虫、以菌治病等。在植物病虫害的综合防治过程中，生物防治是目前倡导的一种有效的方法，这种方法的应用，不仅可以提高果树病虫害的防御能力，而且可以保持和维护生态系统的平衡，起到保护环境的作用。通常所用的生物防治法，就是果园生草、合理地间作套种引诱蓄养天敌如：螳螂、蜻蜓、啄木鸟、画眉等。
生物防治还包括利用各种昆虫的趋光性、趋化性进行诱杀，大量消灭害虫.减少对农作物的破坏;利用植物可以分泌化学信息素来吸引昆虫的特性，利用人工合成的各种化学信息素，吸引传粉昆虫，科学的果树嫁接技术对提高果树及作物的传粉率和结实率：释放过量人工合成的性引诱剂，使雄虫无法辨认雌虫的方位，或者使它的气味感受器变得不适应或疲劳，不再对雌虫有反应，从而干扰害虫的正常交尾活动，达到消灭害虫的目的。
5、药剂防治。有机果品生产中由于不允许使用化学合成药剂，所以防治要求很高。药剂防治一定要合理科学用药，使得农药的作用得到充分发挥。首先，在喷药时，要掌握喷药的最佳时期，可以采取一定的措施加强病虫害的测报。其次，在喷药时，一定要保证农药的质量，使其防治效果达到最佳状态。第三，要保证农药残留不超标，合理控制用药量，禁止使用合成农药。
有机果园允许使用的植物保护产品物质主要有：石硫合剂、波尔多液、机油乳剂、木醋液、硫悬浮剂等。
