小麦的主要病害有小麦赤霉病、白粉病、叶枯病等。其中小麦赤霉病俗称“烂麦头”，是一种真菌病害；小麦白粉病可侵害小麦植株地上部各器官，但以叶片和叶鞘为主，发病重时，颖壳和麦芒也可受害；小麦叶枯病多在小麦抽穗期开始发生，是一种低温、高湿病害。
1、小麦赤霉病
从幼苗到抽穗都可受害，主要引起苗枯、茎基腐、秆腐和穗腐，降低千粒重，影响产量，携带赤霉病病菌的小麦粒里含有毒素，可引起人、畜中毒，发生呕吐、腹痛、头昏等现象。
防治措施：选择抗病品种，在小麦扬花期时少浇水，使用多菌灵和甲基硫菌灵等内吸杀菌剂药剂处理。
2、小麦白粉病
初发病时，叶面出现1-2mm的白色霉点，随后逐渐扩大为近圆形至椭圆形白色霉斑，霉斑表面有一层白粉，遇有外力或振动立即飞散，后期病部霉层变为灰白色至浅褐色，病斑上散生有针头大小的小黑粒点。
防治措施：在发病初期用药，如杂环类、三唑类、嘧菌酯、醚菌酯等。
3、小麦叶枯病
主要危害叶片和叶鞘，初发病，叶片上长出卵圆形淡黄色至淡绿色小斑，后期形成不规则形黄白色至黄褐色大斑块，一般先从下部叶片开始发病枯死，逐渐向上发展，严重者全株叶片变黄枯死。
防治措施：控制灌水，及时排水；使用福美双或三唑酮·多菌灵双进行拌种，预防病害；田间开始发病时，选用百菌清＋烯唑醇、三唑酮、甲基硫菌灵、氟硅唑、异菌脲等杀菌剂防治。
