实践证明，土地流转和适度规模经营有利于优化土地资源配置，有利于保障粮食安全，有利于促进农业技术推广应用和农民增收，然而，由于制度上的不完善，当前土地流转也出现了一些新情况和新问题亟待引起重视：
一、政府的积极性和村民意愿的矛盾
今年“两会“期间，记者采访了多名来自农村基层的省人大代表，谈到土地流转，这些村支书异口同声表示“土地流转是好事。 ”
寿县寿春镇九龙村村支书王云胜告诉大家：土地流转后，一家一户的土地变成大户集中经营，便于管理，增加农户收入。以当地为例，村里流转了500多亩土地给大户用于果树育苗，流转价格为800元一亩，“比种粮还划算”。土地流转后，老人们给大户打工，每天也能挣到80元左右，每月能增加1000多元纯收入。流转后，大户统一处理秸秆问题，还解决了秸秆禁烧难题。并且，大户给村里上交管理费20-50元/亩，一下就给村里增加了2万元村集体收入。
虽然实惠多多，但金寨县梅山镇龙湾村支书胡德琴也坦言，在实际工作中，做通村民的思想工作并不容易，很多农户总要反复动员。 “不愿流转的主要是老人，他们视土地是自己的命根子，一旦流转出去，担心收不回来或者被破坏。 ”
二、流转机制不健全，流转手续不规范，容易形成纠纷和隐患
眼下土地流转尚处于初级阶段，没有形成规范化的市场化运作机制；基层政府和村没有成立专门的服务机构和工作队伍，在不少地方，私自流转的现象十分普遍。“流转土地全凭一张嘴、一句话，没有明确双方的责权利关系。加之土地流转变更、鉴证登记备案制度没有完全建立，一旦发生土地纠纷，不利于问题的有效解决。 ”
三、土地流转中的“非农化”和“非粮化”倾向
房地产市场不景气后，一些企业大举进军农业，目的却不是“务农”，而是跑马圈地，借搞合作社、农业园区之名，将大量已流转的土地开发为农产品加工、休闲农业、乡村旅游和乡村酒店等，导致耕地的 “非农化”，有的企业圈到地后，甚至大面积撂荒。
与“非农化”相比，“非粮化”现象更为普遍。种蔬菜、种玫瑰花、种树、种瓜果……采访中，村干们纷纷表示当地流转土地主要用于经济作物种植。“种粮不挣钱，连租金都付不起。”黄山市徽州区潜口镇澄塘村副书记鲍玲萍认为，“非粮化实属无奈之举。 ”她的话也在记者采访中得到印证。如凤阳县小岗村流转了4300亩土地，平整后转租给省农垦集团公司方邱湖农场，每亩租金945元。而据方邱湖农场有关人员介绍，他们承包的3200亩地一年亏损达200多万元。
四、规模经营出现风险后农民利益受损
2013年5月，身背1090亩土地流转抵押贷款的“山东省优秀诚信农村经纪人”邵长宝跑路了，留在他身后的是80万元的农民工资和300万元的土地融资债务，以及被扣押在银行的金陵寺村1000多亩土地使用权证。无独有偶，南陵县工山镇高岭村1200多亩土地流转给该县一种植大户耕种，流转期限6年，可该大户两年后突然毁约，出走外地。
“农业风险较大，一旦出现大户跑路现象，该如何确保农民的利益不受损？ ”这是亟待解决的问题。
