良种补贴是指国家对农民选用优质农作物品种而给予的补贴。目的是支持农民积极使用优良作物种子，提高良种覆盖率。
2015年良种补贴规模进一步扩大，部分品种标准进一步提高。水稻、玉米、油菜补贴采取现金直接补贴方式，小麦、大豆、棉花可采取统一招标、差价购种补贴方式，也可现金直接补贴。继续实行马铃薯原种生产补贴，在藏区实施青稞良种补贴，在部分花生产区继续实施花生良种补贴。
具体农作物补贴政策如下：
1、水稻良种补贴政策
2004年设立。从2004年至2007年一直按照以计税水田为基数的实际种植面积补贴。2004年—2006年，补贴区域为湖南、湖北、江西、安徽、辽宁、吉林、黑龙江7省，补贴标准为早稻10元/亩，中稻、粳稻15元/亩，晚稻7元/亩。2007年，国务院决定补贴区域增加四川、广西、重庆3省区。2008年，国务院决定对全国4.4亿亩水稻全部实施补贴，同时将晚稻补贴标准由7元/亩提高到15元/亩，执行早稻10元/亩，中稻、粳稻、晚稻15元/亩的补贴标准，按照实际种植面积进行补贴。
2、小麦良种补贴政策
2003年设立。补贴标准为10元/亩，补贴品种主要为优质强筋和弱筋小麦品种，兼顾优质高中筋和中筋小麦品种。2003—2004年，每年安排1亿元，补贴面积1000万亩，补贴区域为河北、河南、山东、江苏、安徽5省。2005—2007年，补贴规模增加到每年10亿元，补贴面积1亿亩，补贴区域扩大到河北、山西、江苏、安徽、山东、河南、湖北、四川、陕西、甘肃、新疆11个省区。2008年，国务院决定将补贴规模增加到20亿元，补贴面积2亿亩，占全国小麦播种面积（3.44亿亩）的58%，补贴区域增加内蒙、宁夏2省区，扩大到13个省区。
3、玉米良种补贴政策
2004年设立。补贴标准为10元/亩，补贴品种为青贮玉米、高淀粉、高油等专用玉米。2004—2005年，每年分别安排1亿元，补贴面积1000万亩，补贴区域为内蒙古、辽宁、吉林、黑龙江、河北、河南、山东和四川8省区。2006—2007年，补贴规模扩大到3亿元，补贴面积增加到3000万亩，继续在原有8省区实施。2008年，国务院决定将补贴规模扩大到20亿元，补贴面积2亿亩，占全国玉米播种面积（4.3亿亩）的46.5%，补贴区域扩大到玉米种植面积1000万亩的省份，包括河北、山西、内蒙古、辽宁、吉林、黑龙江、安徽、山东、河南、四川、贵州、云南、陕西等13个省区。
4、大豆良种补贴政策
2002年设立。补贴区域为东三省和内蒙古高油大豆生态适宜区，补贴标准为10元/亩，补贴品种主要为高油大豆（高油大豆是指含油率21%以上、蛋白质含量不低于38%，主要用于榨油的大豆）。2002年安排1亿元，补贴面积1000万亩；2003年补贴规模增加到2亿元，补贴面积2000万亩；2004—2007年，每年分别安排1亿元，补贴面积1000万亩。2008年初，国务院决定将补贴规模扩大到4亿元，补贴面积增加到4000万亩，占全国大豆播种面积（1.29亿亩）的31%。该项政策对提高大豆单产水平、大豆品质起到积极作用。
5、棉花良种补贴政策
2007年设立。补贴区域为黄淮海、长江流域、新疆等三大棉花主产区，补贴省份为河北、山东、河南、江苏、安徽、湖南、湖北、新疆等8个省区，补贴规模5亿元，补贴面积3333万亩，补贴标准15元/亩。
6、油菜良种补贴政策
2007年设立。补贴区域为长江流域“双低”油菜优势区，包括江苏、浙江、安徽、江西、湖北、湖南、重庆、四川、贵州、云南省（市）以及河南的信阳地区（10+1），补贴面积1亿亩，补贴标准10元/亩。
