1、工业用地控制指标与实际规划指标相脱节。我国的土地资源紧张和缺乏是严峻的现实，依法节约集约利用土地是国土资源管理的首要任务。因此从部到省厅，都对供地提出了非常严格的控制指标，提出了投资强度和容积率等硬性指标。但是企业在实际建设中，除按照国土部门的工业用地控制指标建设外还要根据具体的立项和规划设计图建设，工业用地控制指标是国土系统下发的要求，而规划部门自己又有对容积率的指标要求，国土部门和规划、发改委部门要求标准不一致，况且国土部门对发改和规划部门没有约束力，因而工业用地指标与规划、立项指标形成了实际上的矛盾。
2、工业用地供地周期过长与北方建设周期相冲突。比如东北由于季节的原因，建筑工程只能在4月底至11月初施工，其余时间处于冷冻不能开工建设。而工业用地挂牌按国家政策工业用地征回之后，还要进行一个月周期的挂牌。如果恰巧在8、9月份摘牌，对于北方季节来说，就不可能当年摘牌，当年开工建设。
3、分期征地与规划设计相矛盾。由于农转用指标紧缺，有些大项目需要分几次征地，因此国土部门供地也需要分几次挂牌出让。但是在与规划部门协调时，规划部门根据上级要求是对整个项目进行规划，并且必须是对征后土地进行规划，对未征部分无法进行规划，这样供地与规划之间产生了的矛盾。
4、土地摘牌后办理各项手续受其他部门审批制约。项目用地在土地摘牌之后，持成交确认书和出让合同到发改委和规划等部门办理手续，仅固定资产投资卡片就需要十多家单位盖章，而且多数涉及收费，实际办理起来时间会更长，而这些部门不审批盖章国土部门就无法下达土地出让批复，客观造成土地摘牌和下达出让批复的时间过长，影响了国土部门的行政效能。
