办理集体土地使用证的程序：
根据《土地管理法》及《土地登记规则》的规定，土地登记按照土地登记申请——地籍调查——权属审核——登记发证的程序办理。
1、土地登记申请书；
2、土地使用权利人身份证或户口册复印件；
3、土地使用的权属证明材料(政府行文)；
4、初始登记颁发的土地证书；
5、建设用地批准书(土地违法案件行政处罚决定书)；
6、批准用地缴税费发票或罚款收据复印件。
申请者提交以上资料后，国土资源所派员进行地籍权属调查，符合规定的在20个工作日内给予办理并报县级人民政府审查批准，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认使用权。
集体土地使用证的办理流程：农民个人办理申请---->区国土资源分局土地登记收件---->区国土资源分局初审 ----->区国土资源分局现场地籍调查、权属审核----->区国土资源分局、结证----->区国土资源分局局长审批、签字 ---->市国土资源局确权终审加盖《xxx市人民政府土地登记专用章》----->区国土资源分局个人土地登记发件、领证、收费 ----->农民个人
相关法律知识：
土地使用证证书：确认土地使用权的法律凭证。土地使用证内各项数据和编号，如单位名称、四至、土地数量、位置、土地变更等，必须与土地登记表相一致。土地使用证附图可根据土地利用现状底图或地籍图透绘获得。随着面积和界线的变更，附图也应作相应改动。
国有土地使用证由国家土地管理局统一监制，市、县人民政府颁发，土地管理机关填写，发给依法使用国有土地的单位和个人，并由其保存。其主要内容包括：①土地使用者名称、地址、图号、地号、用途、批准使用期限、四至、填发机关签章、年、月、日。②城镇土地使用中用地面积，其中建筑占地，共有使用权面积，其中分摊面积，土地等级；农村土地中土地总面积，其中地类面积。③备注。④变更记事。⑤附图以及证书的编号等。
农村集体土地使用证办理程序
一、 需要提供的材料：
1、 农民户口簿复印件
2、 身份证复印件
3、 村镇规划许可证明及有关审批材料
4、 国土局确定的其他审批材料
二、 具体办理程序
1、 农户向当地镇街道国土管理所提出办证申请，
2、 农户所在村集体经济组织出具书面同意证明，
3、 国土管理所组织人员现场丈量核实，填写并收集有关证件材料，
4、 国土管理所核查后，将材料报市国土资源局审批后发放农村集体土地使用证。
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