安全理念。土地是支撑人类社会进步的最基本的物质资源。我国是一个人口多、耕地少的发展中大国，人均耕地面积只有1.38亩，不足世界平均水平的40%。宝贵的耕地承载着保障粮食安全进而保证社会稳定与国家安全的重要职能，安全成为我国农村土地管理制度改革的首要理念。因此，《决定》要求坚持最严格的耕地保护制度，坚决守住18亿亩耕地红线，同时强调赋予农民更加充分而有保障的土地承包经营权，现有土地承包关系要保持稳定并长久不变。这既确保了农民具有稳定的基本生产资料，又为粮食安全提供了保障，维护了全体中国人民的生存权。
市场理念。在社会主义市场经济条件下，土地要实现效益最大化，客观上要求土地资源通过市场机制进行最佳配置。《决定》强调，“按照产权明晰、用途管制、节约集约、严格管理的原则，进一步完善农村土地管理制度。”同时指出，搞好农村土地确权、登记、颁证工作;建立健全土地承包经营权流转市场;改革征地制度，严格界定公益性和经营性建设用地，逐步缩小征地范围，完善征地补偿机制;逐步建立城乡统一的建设用地市场;完善与农业生产资料价格上涨挂钩的农资综合补贴动态调整机制;保持农产品价格合理水平;完善粮食等主要农产品价格形成机制，理顺比价关系。当然，由于农业的弱质性和土地资源的特殊性，土地的市场配置具有自身的一些特点，如为了确保粮食安全，要求“土地承包经营权流转，不得改变土地集体所有性质，不得改变土地用途，不得损害农民土地承包权益”等。至于“健全农产品价格保护制度，完善农产品市场调控体系”、“建立主产区利益补偿制度，加大对产粮大县财政奖励和粮食产业建设项目扶持力度”等，是国家为更好地保护粮食这一基础性公共产品的生产、遵循现代市场经济运行规律而作出的必然选择，并非对市场的否定。
平等理念。进入新世纪新阶段，我国总体上已进入以工促农、以城带乡的发展阶段。《决定》把加快形成城乡经济社会发展一体化新格局作为新形势下推进农村改革发展的根本要求，其中贯穿着平等理念。具体包括：完善土地承包经营权权能，依法保障农民对承包土地的占有、使用、收益等权利;需要征收农村集体土地时，应当依法征收，并按照同地同价原则及时足额给农村集体组织和农民合理补偿，解决好被征地农民就业、住房、社会保障;逐步建立城乡统一的建设用地市场，对依法取得的农村集体经营性建设用地，必须通过统一有形的土地市场、以公开规范的方式转让土地使用权，在符合规划的前提下与国有土地享有平等权益。《决定》还要求，统筹土地利用和城乡规划，合理安排市县域城镇建设、农田保护、产业聚集、村落分布、生态涵养等空间布局。
效益理念。促进土地资源发挥最大的经济效益，实现优化配置和有效利用，是《决定》关于农村土地管理制度改革的又一基本理念。一是向科技要效益。采用先进的科学技术和生产手段进行农业经营，增加技术、资本等生产要素投入，着力提高集约化水平。二是向规模要效益。土地适度规模经营能够降低农业生产成本，有利于农业技术推广和农业基础设施建设，有利于增加农民收入。因此，《决定》指出，按照依法自愿有偿原则，允许农民以转包、出租、互换、转让、股份合作等形式流转土地承包经营权，发展多种形式的适度规模经营。三是向节约要效益。实行最严格的节约用地制度，从严控制城乡建设用地总规模，促进土地利用模式创新和土地利用效率提高，进而以土地供应的硬约束来促使经济发展方式转变和效益提高。
