(一)对“公共利益需要”缺乏明确的界定
根据我国《宪法》和《土地管理法》的规定，国家为了公共利益的需要，可以依法对土地实行征收或征用并给予补偿。由此可以看出，土地征收的前提必须是为“公共利益”的需要，但是现行法律、法规并没有对此作出明确规定，实践中建设项目繁多，“公共利益需要”的尺度很难把握，政府在巨大经济利益的驱动下，极易打着公共利益的幌子，将商业目的用地纳入土地征收的范围，从而损害被征收土地集体经济组织及其成员的合法权益。
(二)土地征收的补偿问题突出
由于目前土地一级市场由国家垄断，集体所有制土地不能直接进入市场交易，土地征收是政府强制性取得集体土地所有权的一种方式，因此这种所有权的转移是有偿的行政行为。我国《土地管理法》等法律法规虽然对土地征收的补偿标准作出了规定，但补偿标准不够科学合理，补偿方式单一，安置责任不明确，甚至使失地农民彻底失去生存的依靠，导致农民对征地行为的不满，引发大量纠纷，甚至出现政府低价获得集体土地的所有权，再高价出让土地使用权的情况，导致严重的过度征收及种种难以通过制度加以规范的违法浪费行为。
(三)土地征收程序欠缺，导致土地征收权的滥用
科学合理的土地征收程序可以预先设定行政机关的权限，规定其决策的依据和步骤，避免行政机关专断和滥用职权，保证土地征收的顺利进行。但是在我国，土地征收程序的规定过于简单，缺少必要的监督机制，容易带来行政权力的泛滥。且由于土地征收费用低，很多土地被征收后闲置，造成大量土地资源的浪费，使农村土地流失严重。
(四)土地征收透明度不高，容易引起矛盾激化
被征收土地者在整个土地征收过程中处于被动的劣势地位，如补偿方案的确定是由政府核准并实施，难以避免暗箱操作行为的发生，征收程序的公示性难以保障。而人民法院在审理土地征收及补偿行政案件中，常常受到来自于地方保护主义的压力，农民为了寻求救济的途径，往往采取集体上访甚至更为极端的解决方法，成为社会的不稳定因素。
(五)土地收益分配和管理的问题
在土地征收的过程中，土地收益包括所有权和使用权收益，土地收益应该在失去土地所有权及使用权的主体之间分配，即集体经济组织和农民个人之间分配。《中华人民共和国土地管理法》第二十六条规定：“土地补偿费归农村集体经济组织所有;地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有。征用土地的安置补助费必须专款专用，不得挪作他用。需要安置的人员由农村集体经济组织安置的，安置补助费支付给农村集体经济组织，由农村集体经济组织管理和使用;由其他单位安置的，安置补助费支付给安置单位;不需要统一安置的，安置补助费发放给被安置人员个人或者征得被安置人员同意后用于支付被安置人员的保险费用。
市、县和乡(镇)人民政府应当加强对安置补助费使用情况的监督。”但是在实践中，有的县级和乡镇政府也参与到补偿收益的分配中，从而导致集体经济组织和农民个人得到的补偿减少。同时，土地补偿费及安置补助费的使用、管理缺乏必要的约束和监督，农民得不到妥善安置的情况时有发生。
