土元的天敌较多，如鼠、蚂蚁、蜘蛛、鸡、鸭、猫……都能危害土元，所以建造饲养室要密封，防止有天敌进入。
蚂蚁的防治方法：饲养室内蚂蚁危害土元的幼虫严重，可以用肉食类残渣涂蜜糖诱杀。新药蟑蚁净对蚂蚁有致命的杀灭作用，把蟑蚁净粉末放在蚂蚁出入的地方，蚂蚁会马上拖入洞中，一星期左右一窝蚂蚁即死光。
蜘蛛的防治方法：土元饲养房内一年四季如春，很适合蜘蛛生长繁殖。四周墙角、底层、池顶部都是蜘蛛喜欢呆的地方。防治方法：一般采用人工捕捉，大规模养殖场都配有吸尘机，用吸尘机一星期吸一次，连续几星期，基本上能把蜘蛛吸光，一般不用什么药物，以免引起土元误食。
农药
给土元喂青饲料时一定要当心，防止有农药污染的饲料，盛装精饲料的蛇皮袋、器具都要避开、远离农药，一般农药对土元有致命的杀伤力，蚊香、灭虫剂也应严禁使用。
大肚子病
土元生长期内，经常出现圆长、上背发光发亮、腹部鼓胀、行动缓慢、用手挤压腹部易破并有黄色脓水流出、生长缓慢、不交配不产卵、有部分死亡的病体土元。对本病应以防为主，可更换潮湿的饲养土，打开门窗通风换气，使养殖池内空气新鲜。饲喂精饲料多一点，少喂青饲料，在饲料中配制2%的氯霉素。如病体虫达到大虫标准，可拣出制成干品出售。
螨虫
饲养土元，因喂食过多经常积剩，或者饲养池内饲养土过湿，均易导致螨虫的产生；或者是土元饲养中的麦麸、豆粉、玉米粉存放时间过长，本身已有大量螨虫带到饲养室中。螨虫繁殖很快，发现后应立即采取以下措施：
（1）刮除表面一层土，特别是食台周围的表层土，用窗纱筛把土筛出丢掉，如筛子上有一点土元，可用5%的漂白粉水拌一下土元虫体再放入饲养池内。
（2）降低饲养池内土的温度，使土稍干一点。
（3）减少或不喂食物。
（4）增加土元的密度，达到以多取胜，除去螨虫。
（5）把有螨虫的饲料高温杀灭。
（6）用麦麸拌水捏成团，在养殖池内每平方米放三五个，2小时后把麦麸团丢掉，连续做一星期，螨虫数量可大大减少。
