关于农村土地确权做过一系列的解读和探讨，比如题中所涉及的问题，土地要确权了，但是这个农户，户籍上的有效人员全部死亡了，那这户所承包的土地，是被收回，还是由亲属继承？
这个问题，理论上来讲，土地承包到户后，该户人口全部死亡后，其名下土地的承包经营权应该是要被集体收回，再进行分配的，即使承包期没有到。
但是这里有很多其他的延伸问题，比如其子女继承问题等...
秉承笔者一贯的问题回答逻辑，首先要进行问题拆分及概念解读：
中国农村土地目前实行的分配原则，依然是土地集体所有制，再实行土地承包到户。
其分配主体是以户为单位，在农村经常有的一种情况，就是一家人，在儿子成家或女儿出嫁以后，子女都会独立出户，尤其是涉及多子女家庭。
这就会出现如题主问题本身的情况，父母单独成户，名下有责任承包土地。但是父母双亲亡故以后，其子女不在其父母的户口内，就要视具体情况来进行分析了：
法律法规规定，土地承包经营权不同于房产，不属于一般性财产，不能进行继承。
但是这里又有一定的可操作性在于，各地都会根据当地的情况，制定相应的乡规、村规。
比如一些地方的土地传儿不传女，也就是父母亡故，其名下土地由儿子继续享有该土地的承包经营权，土地产生的收益，也继续由儿子获取，嫁出去的女儿则不享受该权益。
但是有些地方又有相关界定，女儿嫁出，只要户籍依然在当地，继续可以享受土地承包经营权属及收益。
这里还涉及到，因为求学、参军、升迁、移民等等，各种情况，导致的该户原有人员户籍变动，而该户的剩余人员全部死亡后，从理论上来讲，这部分土地要被收回。
但是在部分地方，也有相关规定，对这类问题进行界定，就是基于这部分人，是否长期不再回来继续从事农业生产，如果不再继续回来进行农业生产。那么这部分的土地，就由集体收回。
总结一点，在中国农村，除去国家行政机器的架构意外，还充斥着各种以宗族、姓氏、家族的复杂关系纠葛。很多事情上，除去国家法律法规的约束，就得依靠农村当地，法律没有明文禁止的乡规村规来界定这些事情了。
