根据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》规定，纳税人转让土地使用权，增值税税率为11%。具体到实务操作中，仍需区分一般纳税人、小规模纳税人，是否征免税及对取得土地使用权的时间，也应区别对待。
适用一般计税方法的情形
一般纳税人转让2016年4月30日前取得的土地使用权，可选择适用一般计税方法，一般纳税人转让2016年5月1日后取得的土地使用权，则必须采用一般计税方法。
案例1
A公司为一般纳税人，2016年1月取得土地使用权，价款1000万元，2017年4月取得转让收入2220万元，如何计算增值税?
一般计税方法下计算销项税额=2220÷(1+11%)×11%=220(万元)
案例2
A公司为一般纳税人，2016年12月取得土地使用权，价款1000万元，2017年4月取得转让收入2220万元，如何计算增值税?
一般计税方法下计算销项税额=2220÷(1+11%)×11%=220(万元)
存在问题：上述采用一般计税方法可否扣除土地价款呢?根据《国家税务总局关于发布〈房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法〉的公告》(国家税务总局公告2016年第18号)规定，房地产开发企业中的一般纳税人销售自行开发的房地产项目，适用一般计税方法计税，按照取得的全部价款和价外费用，扣除当期销售房地产项目对应的土地价款后的余额计算销售额。这里并未规定转让土地使用权也可以扣除土地价款计算销售额。所以笔者认为应当全额计算纳税。
适用简易计税方法的情形
根据《财政部、国家税务总局关于进一步明确全面推开营改增试点有关劳务派遣服务、收费公路通行费抵扣等政策的通知》(财税〔2016〕47号)第三条规定，纳税人转让2016年4月30日前取得的土地使用权，可以选择适用简易计税方法，以取得的全部价款和价外费用减去取得该土地使用权的原价后的余额为销售额，按照5%的征收率计算缴纳增值税。
案例3
承案例1，A公司为一般纳税人，2016年1月取得土地使用权，价款1000万元，2017年4月转让取得收入2220万元，如何计算增值税?
简易计税方法下应缴增值税=(2220-1110)÷(1+5%)×5%=52.86(万元)。
如果A公司转让2016年5月1日后取得的土地使用权，则不能选择简易计税方法，只能适用一般计税方法，增值税税率11%，例如案例2。
小规模纳税人适用简易计税方法的情形
小规模纳税人无论转让2016年4月30日前或2016年5月1日后取得的土地使用权，既可以适用3%的征收率全额计税，也可以根据财税〔2016〕47号文件规定适用5%的征收率差额计税。
案例4
B公司为小规模纳税人，2016年1月取得土地使用权，价款200万元，2017年4月转让取得收入500万元，如何计算增值税?
全额计税情形下应缴增值税=500÷(1+3%)×3%=14.56(万元)。
简易计税方法下应缴增值税=(500-200)÷(1+5%)×5%=14.29(万元)。
案例5
B公司为小规模纳税人，2016年12月取得土地使用权，价款200万元，2017年4月转让取得收入500万元，如何计算增值税?
此时不能选择适用差额计税方式，只能全额计税。
应缴增值税=500÷(1+3%)×3%=14.56(万元)。
免征增值税的情形
根据财税〔2016〕36号文件附件3《营业税改征增值税试点过渡政策》的规定，下列土地使用权转让行为免征增值税。
1.将土地使用权转让给农业生产者用于农业生产。
2.涉及家庭财产分割的个人无偿转让不动产、土地使用权。
家庭财产分割，包括下列情形：离婚财产分割;无偿赠与配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹;无偿赠与对其承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人;房屋产权所有人死亡，法定继承人、遗嘱继承人或者受遗赠人依法取得房屋产权。
3.土地所有者出让土地使用权和土地使用者将土地使用权归还给土地所有者。
不征收增值税的情形
根据财税〔2016〕36号文件附件3《营业税改征增值税试点过渡政策》的规定，在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，其中涉及的不动产、土地使用权转让行为。
