林地作为市场要素充分融入到市场经济中，对林业经济发展无疑产生了巨大的推动，但也有一些问题不容忽视，主要是参与林地流转的各方法律意识不强，不去林权办证中心办理林地流转变更手续，私下达成林地流转协议，于是在特定环境下就产生了诸多隐患。
隐患一
林地非法流转造成目的偏移，林地流转主要目的是以林地为市场要素，争取更多的人力、财力投入到林地上，推动森林资源更好更快向前发展，而有的林地流转成了变相买山卖山，打着林地流转的幌子，林权改革对林木进行毁灭性砍伐，谋取即得利益，一旦被人举报受到查处，流转双方都会受到法律的严惩，为自己进行林地非法流转交上一笔高昂的学费。
隐患二
林地非法流转纠纷难解，村民之间进行林地流转可以方便各户就近管理经营，而在进行林地流转时，一些村民觉得到林权办证中心进行变更登记比较麻烦。说不到那一天，公路、铁路及城镇建设等大型工程开工建设，被流转的林地在红线范围内，每亩可补偿上万元甚至更多，林地出让方就有可能反悔，矛盾纠纷要经过反复调解，从而在农村形成了新的不稳定因素。
隐患三
林地非法流转经营跑偏，新农村建设加快，生态旅游热，林下养殖、种植走俏的大背景下，一些投机商人，打着发展生态旅游和林下养殖、种植的幌子得到非法流转林地。在其林地上以修建生态旅游配套设施为由，大肆开山取石，进行石质建材经营，破坏林地和植被，或组织村民猎捕珍贵野生动物和采挖珍稀野生植物来谋利，给林地和森林植被带来满目疮痍。
