十三五期间，黔江区将以农村环境问题导向，全面加大面源污染防治和畜禽养殖污染治理，保障农村饮水安全，加大农村环境综合整治和基础设施建设，到2020年农村人居环境质量明显改善。
黔江区实施酸化土壤改良等保护性耕作技术，禁止有毒有害物质超标的污水、污泥施用于耕地。推广低毒低残留农药，普及和深化测土配方施肥，加大农业投入品数量较大且施用强度较高的区域以及以蔬菜、烟草为主体的设施农业面源污染防治，实现农药和化肥零增长，严格控制饲料和抗生素使用，合理处置农膜、农药包装物等生产废弃物，全面加强种植业面源污染防治。严格控制养殖总量，深化削减污染存量，全面提升废弃物综合利用水平，严格环评和“三同时”制度，立足以地定畜、种养结合，实施畜禽养殖总量控制和养殖区划管理，2017年全面完成禁养区养殖场关闭或搬迁任务。
同时，黔江区坚持“综合利用为主、工程治理为辅”，突出资金引导，加大大中型养殖场污染治理资金支持，2020年畜禽养殖污染物COD和氨氮削减15%以上，系统实施沼气能源工程、有机肥产业化工程，制定畜禽有机肥生产、使用的激励政策，推广畜禽养殖污染防治技术创新示范，重点推广示范高效堆肥、废弃物中重金属等有毒有害物质脱除、沼液沼渣综合利用等技术，防治规模化养殖业污染。
黔江区还开展农村饮用水源保护，实施农村饮水安全巩固提升工程，推进农村饮用水源向清洁水源转变，提升农村供水保障能力，建立完善“从源头到龙头”的农村饮水保障体系。建立健全农村饮用水水质卫生监测网络，提高农村饮用水水质监测指标项目和频次，逐步完善农村供水应急保障机制，加快无保障水源地区的饮水安全工程建设，保障农村饮水安全。
黔江区实施农村人居环境整治行动，立足乡村特色和定位，开展农村环境综合整治，到2020年，全面完成100个村庄的综合整治工作。加大生态旅游型农村散户以及农家乐等家庭餐饮业生活污染治理，建立多元化的农村环保投入机制，保障农村环境保护公共设施正常运行，到2020年，实现农村聚集区污水处理和农村垃圾收集处理90%以上，大力实施“卫生改厕”等工程，到2020年农村卫生厕所普及率提高到85%。
