为推动全省现代农业跨越发展，省财政厅按照“简政放权、放管结合”的思路，采取多项措施强化现代农业项目管理，逐步形成“全过程、多层次、全方位”的管理体系，确保项目管理规范，资金使用效益明显。
为建立与深化财税体制改革相适应的现代农业资金管理制度，省财政厅积极修订完善了《云南省中央财政现代农业生产发展资金管理办法》和《云南省中央财政现代农业生产发展资金绩效评价实施细则》，加大简政放权力度，项目县的立项权、方案的审批权下放至州（市），赋予基层更大更多的自主权，建立权责对等的管理制度体系。
结合农业产业资源禀赋及全省农业产业发展规划，省级财政在2014年至2016年连续重点扶持蔬菜、山地鸡、澳洲坚果等3个主导产业，推动主导产业可持续发展，夯实主导产业基础，重点支持基础生产条件建设、良种体系建设、农业产业化经营等农业生产基础环节。
2016年，省级农口部门对下转移支付资金全部采取因素法切块下达，由基层按支农任务和规划，自行确定具体扶持项目并审批，增加基层安排项目资金的统筹权与自主权，为基层加大整合资金扶持现代农业创造条件。各州（市）、县除扶持现代农业发展之外，统筹安排资金，加快构建高原特色农业与二三产业融合发展的现代产业新体系。
为强化管理，加大第三方对项目和资金的管理监督，该厅通过政府采购委托中介机构开展现代农业项目县绩效考评，在规范考评程序、考评内容的基础上，依托中介机构开展实地督查、绩效考评、项目评估等工作，客观审查项目、评价实施效果。该厅还通过制定办法、下发项目指南、业务培训等形式强化政策培训，提升项目管理人员业务素质，合力推进高原特色农业现代化建设。
