农村土地确权不仅是保障土地所有者合法权益的重要途径，同时也是保证农村集体经济发展的重要措施，是千千万万农民最为关注和关心的。这是一项复杂且艰巨的工作，在实际的操作过程中，必然会存在很多的问题。
1)意识不足导致动力不足
目前，农村的大多数青壮年走到城市打工，而留在农村的很大一部分都是老弱病残，他们知识有限，他们普遍认为只要有土地，能够种田就行，并不关心土地的归属问题。由于对于土地确权的重要意义认识不足，他们对于该项工作的参与度并不高，甚至存在抵触情绪，就这造成了政府相关部门在开展工作过程中出现了单方面努力的局限，导致了工作动力不足，许多需要从农民自身来了解、调查的问题就出现了困难，严重影响了确权工作的进度。
2)问题得不到解决，最新问题得不到改善
农村土地问题由来已久，归属问题得不到最终确认，尽管相关工作人员在确权过程中会调阅很多历史资料、数据，但是时间是不断发展的，农村的土地归属情况也是不断变化的，很多深层次的历史问题不能得到很好的解决，部分隐蔽性问题很难发现并未得到妥善解决;旧的问题还没有得到解决，新问题却不断出现，一旦工作过程出现遗漏，在遇到新情况新问题时不能及时处理，就会埋下矛盾隐患，阻碍了确权工作的进行。
3)地权属界址不清晰，权属纠纷得不到解决
在农村集体土地的确权工作汇总，一个重要的环节就是权属界址问题。权属界址主要是指土地的界址点或界址线，是确权工作的前提，是确权登记的依据。这一问题如果处理不好，就会影响确权工作的进度和质量。土地的权属界址与农民的切身利益息息相关，同时也影响着农村集体经济组织经济发展。然而，农村实际存在的问题是，很多土地的界址不清晰，存在权属纠纷的土地无法得到最终的确认。因此，工作人员不能对这类土地进行审核、登记，无法完成确权工作。
4)确权工作中存在敷衍，甚至腐败现象
进行农村集体土地确权的政府工作人员很多时候敷衍了事，不能够深入了解土地的历史状况和现实情况，不严格按照法规政策办事，甚至在确权过程中存在不公平、不公正的现象，不能为农民办实事，而是做表面工作，甚至，在确权实际操作过程中出现以权谋私、走后门等现象，引起很多农民的不满，从而影响了工作质量，留下隐患。因此，政府机关工作人员必须思想作风过硬，切实保障农民权益，积极地为农村集体土地进行确权登记发证。
