随着生态旅游的迅速发展，人们的旅游环保意识日益增强，对环境负责任的旅游开发方式越来越受到旅游管理部门及旅游者的认可，加强旅游环境保护实际上已成为旅游业可持续发展的理性选择。开展农家乐旅游的地区一般都属于生态环境脆弱地带，一旦环境遭到破坏，恢复起来就会非常困难，尤其是土壤、水体等污染，生态恢复需要较长时期。更为严峻的是，在这些地区，人们的环保意识比较差，热切追求经济利益的眼睛会对破坏环境的行为视而不见，再加上这些地区基本上都没有环保资金的贮备，也缺乏一定的环卫设施设备，能够保证环境恢复的经济、技术力量非常薄弱，环境破坏之后会直接影响到该地区人们的生产生活，形成恶性循环，从而影响到地区整体社会经济的发展，以旅游带动农村经济发展的初衷最终可能演变成适得其反的结果，造成难以挽回的损失。因此，必须实施农家乐旅游开发和经营两个过程中的环境保护措施，进行有效的环境保护控制，使农家乐旅游循着生态旅游的模式健康、良性发展，切实发挥旅游带动农村经济的作用，实现经济效益、社会效益和环境效益的统一。
农家乐经营中存在的环境问题：
（一）缺乏科学规划，盲目发展，忽视环境的保护
农家乐处在脆弱的生态区，其经营主体是文化水平较低的农民群体，他（她）们决大多数对农家乐的开发和发展缺少科学理论指导和科学规划，对环境的爱护和保护不重视。如果这些农家乐经营者不考虑自身的实际情况，盲目开发自然资源，将会导致生态压力增大。
目前，农家乐经营者与游客环保意识普遍薄弱，农家乐的污水、废弃物随处抛洒，特别是风景区，生活垃圾随处可见，污水肆意排放，废气烟尘排放量严重超标。在用水方面，许多农家乐用的是自备井水，在旅游高峰期不能保证水源的充足供给，过度抽取地下水，也会给生态带来长期性的严重影响。
（二）环保配套基础设施不完善，“三废”乱排乱放
农家乐经营者绝大多数都是土生土长的农民，由于缺乏统一 规划与合理布局，加之配套基础设施跟不上，导致生活污水横流， 餐饮垃圾遍野，旅游废弃物肆虐，苍蝇蚊虫乱飞，尘土飞扬，难以降解的塑料制品危害着田园，严重影响乡村的自然环境。环保配套基础设施跟不上，没有修建垃圾集中无害化处理设施、污水排放管网，排污排水通道不畅，各种生活用水与旅游垃圾随意排放，造成水、空气和土壤的污染，本以远离城市污染的田野在农家乐休闲中遭到更直接、更集中、更无序的破坏。大量农家乐旅游活动的开展带来了拥挤的人流、车流以及噪声、废气，让当地的农民感到生活空间缩小，生活拥挤纷乱。主要产生了以下污染。
1.农业活动污染 农业活动污染是指直接为农家乐旅游服务的农业种植、养殖等生产活动而造成的对土壤、水体、空气等的污染。主要包括：因增产、催熟等目的而大量施用无机肥、催熟剂、 保鲜剂等造成土壤的板结、保水保肥能力下降，地下水和地表水污染，空气污染，农作物品质下降等污染和破坏；在一些地区存在占用农田深挖鱼池以开展垂钓等旅游活动，但又因某种原因不能正常开展而废弃的现象，但这些大水池已严重破坏土壤结构，造成土地资源的浪费。
2.生活垃圾和旅游活动污染 由于开展农家乐旅游地区的垃圾处理能力非常有限，因此生活垃圾污染问题已比较严峻，给正常的农业生产和生活活动带来压力。生活垃圾和旅游活动污染的主要来源包括：为游客提供饮食服务而产生的大量食堂垃圾；游客丢弃的大量易拉罐、啤酒瓶、废纸等无机类垃圾及塑料瓶、袋，瓜皮果核、食物残渣、骨头等有机类垃圾；汽车、游客不可避免地碾压、 践踏草地和农田造成的土壤结构破坏和景观视觉美被破坏。此外，一些旅游点因为厕所条件恶劣，有的甚至没有厕所，造成空气污染、形象污染，严重影响到农家乐的声誉。
3.噪声污染 噪声污染的表现比较明显，主要包括汽车等机， 动车、船噪声和喧闹的卡拉OK、舞曲等噪声污染，这些主要来自城市的声音打破了乡村生活的宁静氛围，影响了动植物的生长和繁衍，同时也在一定程度上违背了农家乐经营的主题。
4.建设项目污染 建设项目污染主要是指在开展农家乐经营的乡村地区进行食宿、娱乐、游道、养殖等设施的工程建设对环境所造成的破坏和污染。主要包括：工程建设产生的碎砖、石块、 炉渣、石灰等固体垃圾对土壤、水体、空气造成的污染和工地噪声污染；大批兴建的人工建筑物与乡村环境不协调而造成的视觉污染，特别是在一些城市周边的农家乐建设的人工建筑对城市环城景观带的形象也造成了破坏。
5.社会环境污染 不可否认，农家乐对乡村地区的经济发展、农民增收致富、社会文化进步等各方面的贡献在一定深度和广度上都成效显著，但对当地社会环境的不利影响同样也不容忽视。 主要表现在以下方面。
一是在追求利润最大化的驱动下，本土文化的表现常流于形式，或商业包装过浓，或盲目仿效，丧失了当地土著文化的精髓和特色，甚至在一些地区存在对本土文化进行不科学的嫁接和转借的现象，影响了地方文化的健康发扬和传承。
二是农家乐的发展促进了当地经济的发展，当地人商品意识觉醒的同时也滋生了一些不健康的经营意识，如粗野拉客、哄抬物价、恶意宰客等现象时有发生。
三是农家乐的发展给当地女性带来了更多的就业机会，这在一定程度上改变了乡村地区的传统工作结构和观念，可能对家庭生活带来负面影响。
（三）盲目开发，超过环境容量
农家乐的开发，规划性弱，资源浪费严重。农家乐的致富之道吸引了大批投资者进入该行业，盲目开发现象严重，破坏植被，使林地面积大幅度减少。决策之前缺乏对地理位置、自身资源、市场需求、基础设施与环境承载力的有效评估，产品开发也没有进行可行性论证，一些人工景致的设计破坏了周围的环境。农家乐在城市周边三五成群随处可见，部分地区片面追求短期的经济利益，不顾对环境造成的污染和破坏，大兴土木，过分依赖非自然的技术手段，破坏植被，林地面积减少，破坏自然生态环境的平衡。因此，开发建设要考虑环境容量，在环境承载力允许下合理开发和发展。 坚持“农游合一”和谐的发展模式，农家乐旅游的发展建立在旅游与农业的结合，要以环境友好的方式利用农村自然资源，保持其农业特性，在农业生产的基础上开发旅游功能。
