土地是农民赖以生存的根本，事关农民的切身利益，处理确权登记稍有不慎，就会引发矛盾，甚至影响农民的利益。在具体工作中应稳妥推进，先化解矛盾再进行确权，切实保障农民权益。
农村土地承包经营权确权登记颁证，是完善农村基本经营制度、保护农民土地权益、促进现代农业发展、健全农村治理体系的重要基础性工作。农业部从2009年开始开展试点工作，经过村、乡镇、县和整省试点，目前已有12个省进入“整省推进”阶段，要求2018年完成所有省份的确权工作。
1、土地收益逆转，农民争地，矛盾突出
自农村土地二轮承包以来，已有20年，不规范的土地流转在农村一直存在。在改革开放初期，土地收益低，还需要缴纳农业税，加上农村劳动力过剩，一些外出务工人员自发将自己承包的土地转给亲戚或朋友，甚至还有贴钱转让土地的。在这些土地的自发流转过程中，存在着农民私自处理，多次流转，口头协议，变更不及时，甚至没有做过登记等现象，这就导致土地权属不清，有的有地无证，有的无地有证，或者地证不符，承包主体人不符，权证与合同不符。
随着国家农村政策的转变，不仅免了农业税、“三提五统”，国家还给土地补贴，粮食也涨了价。于是，以前放弃承包地的农户纷纷讨要自己的承包地。还有之前土地收益少时，承包地四至不清，邻里之间也不太计较;即使计较了最后也不了了之，现在确权，大家寸土必争，导致农户与农户之间矛盾紧张。
2、土地分配不规范，农户与农村集体经济组织之间矛盾激烈
例如，某地在二轮承包时，为了发包顺利，将耕地分为不同等级，好地一亩算一亩，差地两亩或更多算一亩，虽然承包合同上的耕地是均分，但实际上土地有多有少。还有一些地区，分地好坏采用抓阄方式，分到什么样的地全靠运气。正是考虑到田块远近、土地肥瘦等原因，很多村组对承包地是五年至十年自行调整一次，出现了“增人增地、减人减地，五年一小调、十年一大调”现象，这些给确权工作带来了难度。还有一些农村家庭，添丁增口，如果按照中央规定，二轮承包关系长期稳定不变的原则。未来五年内按既有土地分配完成确权，这就会遭到未获土地农户的强烈反对;而按新规则，对现有人口进行土地分配并确权，必定会引起那些已占有土地农户的反对。
实际上，不少农村地区二轮承包后有20%—30%的农民目前没有土地，包括刚出生的小孩和婚迁来的人口，现在土地要确权，这就意味着他们未来都没地了。总之，之前地少地差的农民希望通过这次确权重新分配土地。没地失地的农民也希望通过这次确权调整土地，甚至要求按照人口进行土地再分配。这些问题导致了人地关系复杂，农户与农村集体经济之间关系紧张，给土地确权颁证工作带来了难题。
3、对开荒土地、无主地的确权登记颁证问题
比如在西南、西北一些县市存在着二轮承包期后农民新开垦出来的荒地，农民在这些荒地上耕作多年，早已视为自家土地，但这些荒地并没有写入二轮承包的合同中。如果确权登记后将这部分荒地全部归入开荒者名下，可能对其他没有荒地资源者不公平;如果将这些荒地全部收归集体或国有所有，不补偿开荒者的前期投入显然也不合理。如果补偿则如何确定补偿标准，由谁给予补偿资金也将会是巨大难题。
针对出现的问题，要深入调研，认真分析，在尊重历史、正视现实，按照分类处置的原则依法妥善解决。有政策依据的严格按照规定调处;没有政策规定的，由工作组根据有关指导意见，提出解决方案，交村民代表大会进行讨论决定，充分尊重村民意愿，调动群众的积极性和主动性。坚决杜绝发包方暗箱操作，强行推动，不能让政府参与代替农民参与。同时，还要严防工商企业的农村圈地行为，防止农村富豪对土地资源的兼并，损害农民的切身利益，防止农村贫富两极分化。
