随着城镇化进程的加剧，越来越多的农民选择进程务工，寻求农业生产外的打工收入。由于“种粮的收益低于经济作物”，只要条件许可，农民就会改种粮为种经济作物。为实现粮食基本自给的战略目标，也为提高农民的农业生产收入，国家实行了对农民进行“种粮补贴”的办法，来调动农民种粮的积极性。
补人还是补地?
农业生产者为了获取较高的产量和收益，有效防止某些病虫害的发生，一块地上种植的作物，经常会变动，就是通常所说的轮作。由于农事活动的分散性，农地等级和形状及分布差异大，种植面积或产量的核算，不仅耗时费力，也难于计算。按播种面积或按实际产粮，来进行“种粮补贴”，在实际操作层面，不仅难度大而且耗费大，“不划算”。为“减少”矛盾，实际工作中，绝大部分地区，采取的是按“计税面积”进行补贴的办法。
农民进城了，该拿补贴吗?
有不少人质疑：农民进城成为市民，还该不该得“补偿”?
至于部分农民进城后，还拥有土地享受着“种粮补贴”，却不能就事论事。应该看到，农民保有土地进城，是预防进城失败“无退路”的一项有力措施。这部分农民暂时还得这笔钱，要从城市反哺农村的大局去理解。而这笔钱的实质意义，并不在于是进城农民得还是在乡农民得，关键是能不能真正起到调动农民种粮的积极性。
从这个意义上讲，真正该得这笔钱的人，既不是单纯意义上的承包户，也不是进城农民或在乡农民，而应该是真正的粮食生产者——不管你是什么户籍身份，或以什么形式进行粮食生产。
从以上看出，按“计税面积”发放“种粮补贴”，与当初的政策设计，可能已经产生了偏移，这种办法，现在与农民是否种粮或者生产粮食的多少，挂钩不是很紧。随着农村劳动力向城市转移、土地合理有序流转和新型农业生产经营主体的出现和增多，出现了“一些实际在种粮农民，拿不到这项补贴，拿到补贴的部分农民，实际没有种粮食”的情况。同时，由于农村土地的复杂性，也使得一部分真正种粮的农民，没有享受到补贴的实惠。
补贴还能怎么算?
土地面积形状怪异“无法测量”，农民有办法。这个办法就是变通：规则的地块，测量面积不是难事。看规则的地块一亩地能产多少，那么，对于不好测量的地块来说，用它的产量折算过来就是了。由于气候条件和土地肥瘦程度不同，有的地方以产粮五担为一亩，有的以产粮六担为一亩，等等。这种“活人不被尿憋死”的变通做法，活现了民间灿烂的智慧，体现的是“一切为解决实际问题”的精神。
土地的自然变更和人为变更，也是一大原因。农村税改，已十年历史了。这期间，水毁、新垦、各种占用等，都使农村现有的实际土地，与当时登记在册的“计税面积”，有了较大出入。
“撤胡椒面式”的按“计税面积”发放的“种粮补贴”，从一定意义上来说，更多地表现为“普惠制”，难以体现该政策对种粮农民的“实惠制”。这种普惠倾向，构成目前种粮大户及专业合作社，在享受“种粮补贴”政策上的不公平性。
“一卡通”直发农户的办法，能较好地防止诸如截留、挪用、冒领、贪污等现象发生，但也存在工作量大、成本高、因录入误差影响及时发放等矛盾。农户见不到具体项目清单，不知道哪笔钱对应哪个补贴内容，“钱是得到了，心里总有不明白的感觉”。这实际也留有诸如可能套骗补偿款的漏洞。“不过总的来说，还是好多了”，也就是说，“一卡通”直发的办法，抓住了补偿款发放问题上的主流。
