蕹菜主要病害有猝倒病、灰霉病、白锈病、褐斑病等，主要虫有菜青虫、小菜蛾、夜蛾科虫、蚜虫等。它的病虫害防治主要有农业防治、.物理防治、生物防治、药剂防治。
1.农业防治
冬季清除地上部枯叶及病残体，并结合深翻，加速病残体腐烂， 采收罢园后，要彻底清除病株残叶，集中烧毁。重病田实行1～2年会作，施用腐熟的有机肥，减少病虫源。科学施肥，加强管理，培育壮苗，增强抵抗力。雨季来临时，应做好开沟排水工作，使田间不积水，降低湿度。需浇水时应选择在晴天下午进行，每次浇水不要超量，切忌大水漫灌。
2.物理防治
在设施栽培条件下，设置黄板诱杀蚜虫。利用频振式杀虫灯诱杀陀类、直翅目害虫的成虫。利用糖醋酒液引诱蛾类成虫，集中杀灭。 利用银灰膜驱赶蚜虫，或防虫网隔离。
3.生物防治
蝶蛾类卵孵化盛期选用苏云金杆菌可湿性粉剂、印楝素或川楝素进行防治。成虫期可施用性引诱剂防治害虫。
4.药剂防治
炭疽病：用77%氢氧化铜等无机铜制剂防治。
轮斑病：可用1：0. 5：(160～200)波尔多液防治。
蕹菜褐斑病：发病初期，可选用77%氢氧化铜可湿性粉剂500倍液喷雾防治。
蕹菜炭疽病：发病初期，可选用30%氧氯化铜悬浮剂700倍液等喷雾防治。
蕹菜细菌性叶枯病：用种子重量0. 3%的47%春雷•氧氯铜可湿性粉剂拌种。发病初期，可选用47%春雷•氧氯铜可湿性粉剂600 倍液，或77%氢氧化铜可湿性粉剂500倍液等喷雾防治。
蕹菜叶斑病：发病前，可选用1:1:100倍量式波尔多液、30% e氯化铜悬浮剂800倍液等喷雾防治，每隔7～10天喷施一次，连续防治3～4次。
蕹菜腐败病：发病初期，可选用5%井冈霉素水剂1500倍液喷雾防治。
