芹菜的病害有早疫病、斑枯病、菌核病、病毒病、软腐病和黑斑病等，主要虫害为蚜虫。它的防治技术有： 农业防治、物理防治、生物防治。
1.农业防治
从无病株上采种，选用无菌且抗病虫性好的种子。种子在55℃恒温水中浸15分钟。重病地实行2～3年轮作。发病初期摘除病叫底部失去功能的老叶，带出田外深埋。避免大水漫灌，露地栽培雨后及时排水，控制田间湿度。施足底肥。排开播种，培育壮苗。加强水管理，促进根系发育和植株旺盛生长，以提高植株的抗病力。若在高温季节育苗，应遮阳降温。
2.物理防治
采用银灰膜驱蚜，兼防病毒病。有条件的可设防虫网，防止害虫进入。用黄板诱杀蚜虫、粉虱、斑潜蝇等。
3.生物防治
用植物源农药，如蚜虫宜用苦参碱或乳油鱼藤酮防治。草木灰浸泡后的滤液叶面喷施防治蚜虫。沼液或堆肥提取液防治蚜虫。
