国家税务总局制定并发布《耕地占用税管理规程（试行）》。《规程》进一步规范了涉税信息管理、纳税人认定管理、申报征收管理、减免退税管理、税收风险管理等事项，加强耕地占用税征收管理，促进保护和合理利用耕地。
一、建立健全“先税后证”控管
各级地税机关应积极与土地管理部门建立部门协作机制，定期开展耕地占用税涉税信息交换，建立健全“先税后证”源头控管模式,充分利用“以地控税、以税节地”管理模式和土地管理部门的“地理信息管理系统（GIS）”，探索对未经批准占地的联合执法工作机制。
上述“先税后证”的“证”指“建设用地批准书”。
1.征税范围
属于耕地占用税征税范围的土地包括：
（一）耕地。指用于种植农作物的土地。
（三）林地、牧草地、农田水利用地、养殖水面以及渔业水域滩涂等其他农用地。 （四）草地、苇田。
凡在中华人民共和国境内占用应税土地建房或者从事非农业建设的单位和个人为耕地占用税的纳税人，应当依照《暂行条例》及其实施细则的规定缴纳耕地占用税。
2.报送资料
耕地占用税纳税申报应报送以下资料：
（一）《耕地占用税纳税申报表》；
（二）纳税人身份证明原件及复印件；
（三）农用地转用审批文件原件及复印件；
（四）享受耕地占用税优惠的，应提供减免耕地占用税证明材料原件及复印件；
（五）未经批准占用应税土地的，应提供实际占地的相关证明材料原件及复印件。
3.税额计算
耕地占用税以纳税人实际占用的应税土地面积（包括经批准占用面积和未经批准占用面积）为计税依据，以平方米为单位，按所占土地当地适用税额计税，实行一次性征收。
耕地占用税计算公式为：应纳税额=应税土地面积×适用税额。
各地适用税额，由省、自治区、直辖市人民政府在《暂行条例》规定的税额幅度内，根据本地区情况核定。各省、自治区、直辖市人民政府核定的适用税额的平均水平，不得低于国务院财政、税务主管部门确定的各省、自治区、直辖市平均税额。
4.《暂行条例》规定的税额幅度如下：
（一）人均耕地不超过1亩的地区（以县级行政区域为单位，下同），每平方米为10元至50元；
（二）人均耕地超过1亩但不超过2亩的地区，每平方米为8元至40元；
（三）人均耕地超过2亩但不超过3亩的地区，每平方米为6元至30元；
（四）人均耕地超过3亩的地区，每平方米为5元至25元。
占用基本农田的，适用税额应当在《暂行条例》第五条第三款、第六条规定的当地适用税额的基础上提高50%。
5.30日内向地税机关申报
耕地占用税纳税人依照税收法律法规及相关规定，应在获准占用应税土地收到土地管理部门的通知之日起30日内向主管地税机关申报缴纳耕地占用税；未经批准占用应税土地的纳税人，应在实际占地之日起30日内申报缴纳耕地占用税。对超过规定期限缴纳耕地占用税的，应按照《税收征管法》的有关规定加收滞纳金。
二、3类占用土地行为不征耕地占用税
以下占用土地行为不征收耕地占用税：
（一）农田水利占用耕地的；
（二）建设直接为农业生产服务的生产设施占用林地、牧草地、农田水利用地、养殖水面以及渔业水域滩涂等其他农用地的； （三）农村居民经批准搬迁，原宅基地恢复耕种，凡新建住宅占用耕地不超过原宅基地面积的。
三、6种情形减免耕地占用税
按照《暂行条例》及其实施细则的规定，以下情形免征、减征耕地占用税：
（一）军事设施占用应税土地免征耕地占用税。
（二）学校、幼儿园、养老院、医院占用应税土地免征耕地占用税。 （三）铁路线路、公路线路、飞机场跑道、停机坪、港口、航道占用应税土地，减按每平方米2元的税额征收耕地占用税。
（四）农村居民占用应税土地新建住宅，按照当地适用税额减半征收耕地占用税。
（五）农村烈士家属、残疾军人、鳏寡孤独以及革命老根据地、少数民族聚居区和边远贫困山区生活困难的农村居民，在规定用地标准以内新建住宅缴纳耕地占用税确有困难的，经所在地乡(镇)人民政府审核，报经县级人民政府批准后，可以免征或者减征耕地占用税。
（六）财政部、国家税务总局规定的其他减免耕地占用税的情形。
减免税实行备案管理
耕地占用税减免实行备案管理。符合耕地占用税减免条件的纳税人根据不同情况报送《纳税人减免税备案登记表》及下列材料之一：
（一）军事设施占用应税土地的证明材料；
（二）学校、幼儿园、养老院、医院占用应税土地的证明材料；
（三）铁路线路、公路线路、飞机场跑道、停机坪、港口、航道占用应税土地的证明材料；
（四）农村居民占用应税土地新建住宅的证明材料；
（五）县级人民政府批准的农村居民困难减免批复文件原件及复印件，申请人身份证明原件及复印件；
（六）财政部、国家税务总局规定的其他减免耕地占用税情形的证明材料。
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