有机瓜类蔬菜生产应从“作物一病虫草害一环境”整个生态系统出发，综合运用各种防治措施，创造不利于病虫草害滋生和有利于各类天敌繁衍的环境条件，保持农业生态系统的平衡和生物多样化，减少各类病虫草害所造成的损失。采取综合措施防控病虫害，露地瓜类蔬菜全面应用杀虫灯和性诱剂，设施瓜类蔬菜全面应用防虫网、粘虫板及夏季高温闷棚消毒等生态栽培技术。
以下以黄瓜病虫草害的综合防治为例，其他瓜类可参考进行。
一、合理轮作
进行合理轮作，选择3～5年未种过瓜类及茄果类蔬菜的田块、棚室种植，可有效减少枯萎病、根结线虫及白粉虱等病虫源。
二、土地及棚室处理
消灭土壤中越冬病菌、虫卵，入冬前灌大水，深翻土地，进行冻垡，可有效消灭土壤中有害病菌及害虫。
三、种子处理
播种前对种子进行消毒处理。可以使用浸种方式，还可以进行种子干热处理。
四、嫁接育苗
可防止枯萎病等土传病害的发生。嫁接苗定植，要注意埋土在嫁接口以下，以防止嫁接部位接触土壤产生不定根而受到侵染。
五、培育壮苗
育苗床选择未种过瓜类作物的地块，或专门的育苗室。从未种植过瓜类作物和茄果类作物的地块取土，加入腐熟有机肥配制营养土。夏季育苗，应在具有遮阳、防虫设施的棚室内育苗。
六、田间管理
定植时，密度不可过大，以利于植株间通风透气。栽培畦采用地膜覆盖，可提高地温，减少地面水分蒸发，减少灌水次数。棚室内栽培，灌水以滴灌为好，或采用膜下暗灌，以降低空气湿度。禁止大水漫灌。多施有机肥，增施磷、钾肥，叶面补肥，可快速提高植株抗病力。设施栽培中，棚室要适时通风，降湿，在注意保温的同时，降低棚室内湿度。及时进行植株调整，去掉底部子蔓，增加植株间通风透光性。根据植株长势，控制结瓜数，不多留瓜。
七、清洁田园
清洁栽培地块前茬作物的残体和田间杂草，进行焚烧或深埋，清理周围环境。栽培期间及时清除田间杂草，整枝后的侧蔓、老叶清理出棚室后掩埋，不为病虫提供寄主，成为下一轮发生的侵染源。
八、日光消毒
秋季栽培前，可利用日光能进行土壤高温消毒。
九、高温闷棚
为提高闷棚效果和确保黄瓜安全，闷棚前一天最好灌水提高植株耐热能力，温度计一定要挂在龙头处，秧蔓接触到棚膜时一定要弯下龙头，不可接触棚膜。严格掌握闷棚温度和时间。闷棚后要加强肥水管理，增强植株活力。
十、物理诱杀
1.张挂捕虫板：利用有特殊色谱的板质，涂抹黏着剂，诱杀棚室内的蚜虫、斑潜蝇、白粉虱等害虫。也可铺银灰色地膜或张挂银灰膜条进行避蚜。
2.张挂防虫网：在棚室的门口及通风口张挂40目防虫网，防止蚜虫、白粉虱、斑潜蝇、蓟马等进入，从而减少由害虫引起的病害。
3.安装杀虫灯：可利用频振式杀虫灯诱杀多种害虫。
十一、生物防治
可在温室内释放天敌丽蚜小蜂控制白粉虱虫口密度，宜采用病毒、线虫、微生物活体制剂控制病虫害。可采用除虫菊素、苦参碱、印楝素等植物源农药防治虫害。
1.鱼藤酮防治瓜类蔬菜蚜虫、菜青虫、害螨、瓜实蝇、甘蓝夜蛾、斜纹夜蛾、蓟马、黄曲条跳甲、黄守瓜等害虫，对蚜虫有效。
2.蛇床子素防治黄瓜白粉病。
3.浏阳霉素防治红蜘蛛及茶黄螨。
4.丁子香酚防治瓜类霜霉病、灰霉病、白粉病。
5.儿茶素预防黄瓜黑星病。
6.竹醋液促进黄瓜叶片、茎粗和株高的生长。
7.健根宝对黄瓜猝倒病、立枯病和枯萎病有效，主要在育苗、定植及坐果期使用。
8.木霉菌防治瓜类白粉病、炭疽病。
9.多抗霉素防治黄瓜霜霉病、白粉病。
10.宁南霉素防治黄瓜等瓜类白粉病。
11.枯草芽孢杆菌防治黄瓜灰霉病及白粉病。
12.核苷酸防治黄瓜霜霉病、炭疽病、白粉病。
此外，还可用春雷·王铜、高酯膜、武夷菌素、嘧啶核苷类抗生素等防治霜霉病、白粉病。用琥胶肥酸铜、氢氧化铜、波尔多液等预防细菌性病害。
杂草防治可参照有机茄果类蔬菜病虫草害综合防治
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