为了适应经济体制改革的需要，我国在建立健全规划体系方面进行了不懈的探索，主体功能区规划正是产生于这一背景之下。
2003年国家发改委委托中国工程院研究的课题提出要增强规划的空间指导，并确定了主体功能的思路。2005年10月公布的《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十一个五年规划的建议》首次正式提出了功能区概念，而2006年3月公布的《中华人民共和国国民经济和社会发展第十一个五年规划纲要》则将“推进形成主体功能区”作为“促进区域协调发展”的重要内容。
自此，主体功能区的概念已经被党中央和国务院所认可，而编制主体功能区规划也被提上了中央政府的议事日程，并保证了这项工作的顺利开展。2006年10月国务院办公厅下发了《关于开展全国主体功能区划规划编制工作的通知》（国办发[2006] 85号）（以下简称《通知》）；2006 年12月的中央经济工作会议上胡锦涛总书记指示要分层次推进主体功能区规划工作； 2007年5月国家发改委在广东省惠州市召开了全国主体功能区规划工作会议；2007年7 月国务院颁布了《国务院关于编制全国主体功能区规划的意见》(国发(2007) 21号）（以下简称《意见》）；2007年9月国务院召开了全国主体功能区规划编制工作电视电话会议；而在2007年10月的十七大上，胡锦涛总书记把基本形成主体功能区布局提到了“实现全面建设小康社会奋斗目标的新要求”的高度。
根据国务院《意见》，国家主体功能区规划在2007年9月形成初稿，并在修改论证后于该年12月报国务院审议。2010年12月21日，《国务院关于印发全国主体功能区规划的通知》(国发[2010) 46号）正式颁布。
主体功能区规划在一些方面进行了大胆尝试和创新。例如，强调在科学评价我国国土空间开发背景与现状基础上，明确不同地区在城镇化、工业化和农业生产、生态保护中承担不同的任务，强调经济、人口与资源、环境在一定空间的相互协调，并且通过各种利益补偿机制的建立健全，使得不同地区的经济社会发展和资源环境保护有机结合起来，以及强调协调区域发展的着力点是大力推进基本公共服务均等化，确保政府在调控国土空间开发中的不缺位、不越位和不错位等。
但是，主体功能区规划存在的缺陷与不足同样更加突出。例如，主体功能区形成所需要配套的区域政策和评价考核体系的制定和实施非短期之功所能完成，而且面临着相关部门的配合问题和各类政策的衔接问题；主体功能区规划在规划体系中定位尚不清晰，特别是不能与此前已经开展的相关区域规划关系，徒增了相关规划间的衔接难度等。
时至今日，主体功能区规划能否顺利实施已经不仅事关相关部门， 而且在成为国家战略后已经成了所有人、所有地区的共同责任，事关国土空间开发秩序和格局优化，事关生态文明建设大局和国家持续发展大计。
