有机茄果类蔬菜生产应从作物-病虫草害整个生态系统出发，综合运用各种防治措施，创造不利于病虫草害滋生和有利于各类天敌繁衍的环境条件，保持农业生态系统的平衡和生物多样化，减少各类病虫草害所造成的损失。
一、农业防治
菜田冬耕冬灌，将越冬害虫源压在土下，冬季白茬土在大地封冻前进行深中耕，有条件的耕后灌水，能提高越冬蛹、虫卵死亡率。
二、实行轮作
与非茄科作物实行3年以上轮作，或水旱轮作1年，能预防多种病害，推广菜粮或菜豆轮作。
三、种子处理
选用抗病、耐病、高产优质的品种，各地的主要病虫害各异，种植方式不同， 选用抗病虫品种要因地制宜，灵活掌握。
四、土壤及棚室消毒
棚室消毒，即在未种植作物前，对地面、棚顶、顶面、墙面等处用硫黄熏蒸消毒。
五、物理防治
田间插黄板或挂黄条诱杀蚜虫、粉虱、斑潜蝇。银灰色反光膜对蚜虫具有忌避作用，可在田间用银灰色塑料薄膜进行地膜覆盖栽培，在保护地周围悬挂上宽10～15厘米的银色塑料挂条。
六、诱杀成虫
用黑光灯、频振式杀虫灯、高压汞灯等诱杀大多数害虫。
七、生物防治
可利用自然天敌，如释放赤眼蜂等。
此外，还可选用以下生物药剂防治病虫害：
1.鱼藤酮防治茄果类蔬菜蚜虫、菜青虫、害螨、瓜实蝇、甘蓝夜蛾、斜纹夜蛾、蓟马、二十八星瓢虫等害虫，对蚜虫有效。
2.苦参碱防治茄果类蔬菜蚜虫、白粉虱、夜蛾类害虫。
3.藜芦碱防治棉铃虫。
4.印楝素防治白粉虱、棉铃虫、夜蛾类害虫、 蚜虫等。
5.氨基寡糖素可预防辣椒青枯病、枯萎病、病毒病，番茄枯萎病、青枯病、黑腐病等。
6.乙蒜素可预防辣椒多种病害发生，促进植物生长，提高作物品质。
7.银杏提取物防治番茄灰霉病。
8.丁子香酚防治辣椒枯萎病、 黪茄灰霉病、白粉病。
9.低聚糖素防治番茄叶霉病、疮痂病、灰霉病、白粉病、疫霉病、褐斑病、 凝疽病和软腐病等。
10.健根宝可防治茄果类蔬菜枯萎病和根腐病。
11.木霉菌使用木霉素灌根，可防治根腐病、白绢病等茎基部病害。
12.嘧啶核苷类抗生素可防治辣椒枯萎病。
13.枯草芽孢杆菌可防治辣椒枯萎病。
14.蜡质芽孢杆菌防治辣椒、茄子青枯病
八、其他制剂
1.硫酸铜防治种传甜（辣）椒疫病、炭疽病、疮痂病、细菌性叶斑病，茄子枯萎病，番茄枯萎病、褐色根腐病、叶霉病。
2.石硫合剂 可防治白粉病、螨类。
3.波尔多液防治辣椒褐斑病、叶斑病、霜霉病、黑斑病、 炭疽病、叶枯病等。
4.氢氧化铜 防治甜（辣）椒褐斑病、白斑病、叶斑病、黑斑病，茄子疫病等。
5.高锰酸钾防治病毒病
九、杂草防治
1.防止肥水混入制备有机肥时，使其完全腐熟，杀死肥源中杂草种子。
2.覆盖除草 可采用黑色塑料薄膜覆盖。
3.种植绿肥除草 休耕时，种植一茬绿肥，在绿肥未结籽前翻人土中作为肥料。
4.间作除草茄果类蔬菜生长前期，在行间种植速生叶菜类蔬菜，充分利用空地，防止杂草生长。
5.人工除草作物封行前，结合中耕除草。
6.机械除草定期用除草机除去田块周边杂草。
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