秸秆还田效应受耕作和还田方式的相应。相关专家以成都平原典型水稻—小麦/油菜两熟制农作区轮作为试验样本，以秸秆不还田为对照，进行不同耕作和还田方式对比实验，发现秸秆还田翻耕在改善土壤养分方面更有帮助。
秸秆还田翻耕可增加土壤细菌数量
试验在成都市温江区展开，土壤为江灰色冲积水稻土，水稻—小麦／油菜两熟制，试验时间为2003-2008年。
实验分为三种不同方式进行，秸秆还田双季翻耕；秸秆还田双季免耕；秸秆不还田、双季翻耕。作物秸秆还田量均为当季全量，即稻草7 500千克/公顷，小麦、油菜秸秆分别为5 250千克/公顷、3 000千克/公顷。
结果显示，秸秆还田后，土壤细菌数量明显增加，且耕作方式影响较大，翻耕有利于秸秆腐解提高土壤养分而增加细菌的数量。变化趋势为：秸秆还田翻耕>秸秆免耕>对照。与对照相比，小麦播期，秸秆还田翻耕和免耕土壤细菌数量提高了75. 6%、46.9%；分蘖期，秸秆还田翻耕和免耕土壤细菌数量提高了171. 8%、153.1%；小麦收后，秸秆还田翻耕和免耕土壤细菌数量提高了63. 4%、23. 9%。
玉米秸秆还田
与对照相比，小麦播期，秸秆还田翻耕和免耕处理土壤真菌数量分别增加了210.6%、22. 5%，表明在秸秆还田初期，真菌大量繁殖加速秸秆矿化分解；分蘖期，秸秆还田翻耕和免耕处理的土壤真菌数量略有降低；小麦收后，土壤真菌数量秸秆还田翻耕增加了79.2%，秸秆免耕降低了64. 4%。
秸秆还田翻耕更能提高土壤微生物活性
与对照相比，小麦播期，秸秆还田翻耕和秸秆免耕放线菌数量分别为每克278.48×104CFU（Colony-Forming Units，菌落形成单位，指单位体积中的细菌群落总数）、189.59×104 CFU，增幅为26.1%、23.8%；秸秆还田翻耕放线菌数量为每克414.29×104CFU，增幅为29.9%；小麦收后，秸秆还田翻耕与免耕处理均减少了放线菌数量，降幅分别153.9%、330.5%，与放线菌适宜生长在中性或偏碱性环境中有关。
同一采样时期，土壤微生物碳含量均表现为秸秆还田翻耕>秸秆还田免耕>对照，秸秆还田翻耕和还田免耕处理的土壤微生物碳总量分别比对照处理增加了74.1%、25.8%，秸秆还田翻耕比还田免耕效果更好。不同采样时期土壤微生物碳含量变化趋势各异，秸秆还田翻耕表现为小麦播期>小麦收后>分蘖期； 秸秆还田免耕和对照均表现为小麦播期>分蘖期>小麦收后。
秸秆还田翻耕、秸秆还田免耕和对照3个采样时期的土壤微生物量碳占土壤有机碳比率平均分别为2. 9%、2.3%和2.0%，秸秆还田翻耕与免耕处理比对照分别增加了43.2%、15.7%。
油菜秸秆
与对照相比，秸秆还田翻耕与免耕处理的土壤微生物量氮含量平均分别增加了60.2%、12. 1%，秸秆还田翻耕比还田免耕增加43.0%。不同生育期而言，分蘖期各处理微生物量氮含量均处于最低状态，而小麦播种前和小麦收割后微生物量氮含量比较接近。
