大部分农民都清楚小麦秸秆还田的作用，但具体到实施阶段时需要多加注意，根据秸秆在耕层的还田部位和还田数量比例，小麦秸秆还田有三种不同技术模式，不同处理方式产生的还田效果各不相同。
有研究者以苏南、苏中、苏北这三个土质为沙壤土的稻麦两熟区为基地，就小麦秸秆还田的三种技术模式做了三年定位实验研究。这三种模式分别是：小麦秸秆全量覆盖还田，还田量6 000千克／公顷；小麦秸秆全量翻埋还田，还田量6 000千克／公顷； 留5厘米根茬（（小小麦秸秆秆））翻埋还田，根茬还田量1 080千克／公顷。各处理水稻全生育期皆施纯氮肥262.5千克／公顷。
三种小麦秸秆还田方式下，0～21厘米耕层有机质分别为小麦秸秆全量覆盖还田22.7克／千克、小麦秸秆翻埋还田21.3克／千克、根茬翻埋还田20.6克／千克，小麦秸秆全量覆盖还田效果最好。
小麦秸秆覆盖还田处理0～21厘米耕层平均水解氮、速效磷、速效钾含量为89.0毫克／千克、13.4毫克／千克和45.5毫克／千克，比根茬翻埋还田处理增加7. 8%、12.2%、52.3%； 全量翻埋还田比根茬还田处理0～21厘米耕层土壤速效钾提高50. 5%，但土壤水解氮和速效磷没有明显差异。
定位试验第1年后，小麦秸秆覆盖还田处理0～7厘米耕层土壤容重为1. 20克／厘米³，比根茬翻埋还田处理的减轻0.07 克／厘米³；定位试验3年后，小麦秸秆覆盖还田处理0～7厘米耕层土壤容重比根茬还田处理的减轻0. 02克／厘米³。
不同处理的总孔隙以小麦秸秆翻埋还田处理最大，小麦秸秆覆盖还田处理最小；毛管孔隙也是小麦秸秆覆盖还田处理最小，分别比小麦秸秆翻埋处理和根茬翻埋还田处理的少2. 69×10-2厘米³／厘米³和2. 90×10-2厘米³／厘米³，表明小麦秸秆覆盖还田使土壤持水能力下降。
小麦秸秆覆盖还田处理0～7厘米耕层的非毛管孔隙比其他两处理的多36. 0%，而7～21厘米耕层的非毛管孔隙分别比小麦秸秆翻埋还田处理和根茬翻埋还田处理少42. 8%和8.8%，有利于水稻生长后期浅层根系处于良好的通气状态，促进养根保叶，使其健壮生长。
