国土资源部与农业部联合出台的《关于完善设施农用地管理有关问题的通知》明确了养殖场等用地属于设施农用地，按农用地管理，并规定设施农用地由县级人民政府批准使用，但是对于不申请办理设施农用地审批手续的该如何处理没有明确规定。请问，对于占用基本农田搞养殖的，按非法占地进行处罚是否得当？对于占用基本农田以外的其他土地作为设施农用地，但没有办理设施农用地审批手续的该如何处理？对于某些因规模小导致政府不予办理设施农用地审批手续的农户，应如何处理？
按照《国土资源部农业部关于完善设施农用地管理有关问题的通知》(国土资发〔2010〕155号)，生产设施用地和附属设施用地直接用于或者服务于农业生产，其性质不同于非农业建设项目用地，依据《土地利用现状分类》(GB/T21010-2007)，按农用地管理。设施农用地由国土、农业部门共同监管，建立共同责任机制。市县国土资源部门、农业部门和乡镇政府都应将设施农用地纳入日常管理，建立制度，分工合作，形成联动工作机制。
设施农用地未依法报市县政府审核，但附属设施用地符合规定比例标准的，不能按违法占地进行处理，可由农业部门或乡镇人民政府通知其补办手续。但若超过比例标准，不管是基本农田，还是一般耕地，超过部分均应按照违法占地进行处理。
当然，按照上述文件规定，设施农业用地是有数量限制的，低于省市规定的数量标准的(比如天津市规定设施农业用地须在100亩以上)，不能按照设施农业对待，其所谓的附属设施用地只要破坏了耕作层，即可认定为违法用地，应当依法进行查处。
