根据最高人民法院2011年8月7日发布的《关于审理涉及农村集体土地行政案件若干问题的规定》(法释〔2011〕20号)规定：在实践中，有些农村集体土地虽然已经被批准征收，但由于种种原因，有关部门对农村集体土地上的房屋没有补偿，也一直由原住户继续使用。若干年后，有关部门补偿安置时，房屋所在的地方已经纳入城市规划区，周围的房屋价格已经城市化，如果仍然按照农村集体土地上附着物的标准补偿，难以解决农民的居住问题。
对此问题，《规定》第十二条第二款规定，征收农村集体土地时未就被征收土地上的房屋及其他不动产进行安置补偿，补偿安置时房屋所在地已纳入城市规划区，土地权利人请求参照执行国有土地上房屋征收补偿标准的，人民法院一般应予支持，但应当扣除已经取得的土地补偿费。
因为土地性质不同，征收集体土地上房屋的补偿不能直接适用《国有土地上房屋征收与补偿条例》，但由于房屋所在的土地已经城市化，如果按照农村集体土地补偿，会无法保障农民的权益。因此，可以参照《国有土地上房屋征收与补偿条例》的补偿标准予以补偿。由于国有土地上房屋征收补偿中实际上已经包含了地价，如果征收农民集体土地时已经对土地进行了补偿，那么按照国有土地上房屋征收补偿标准对其补偿时，应当扣除已经取得的土地补偿费。
