在征地拆迁评估中，土地估价机构一般只对地上建筑物、构筑物、附属物进行评估，土地是按照农用地的不同种类(水田、旱地、林地等)直接确定征地补偿费和安置补助费的。但是，在深圳，大量存在着农民自建厂房出租营利的现象，此时土地已不再是农用地，已经转化为集体建设用地，是一种事实上的建设用地。对于这种集体建设用地的征地补偿是否应当考虑其经营收益的问题，政府目前的规定是不予考虑。理由主要是这些厂房没有办理规划批准手续，土地也没经批准转变用途，是违章建筑。这些厂房的出现是有其历史原因的，对于这种集体建设用地的征地补偿应当适当考虑其经营收益问题。理由如下：
1.《土地管理法》第59、60、61条规定，农村集体经济组织可以使用乡(镇)土地利用总体规划确定的建设用地兴办企业，或者与其他单位、个人以土地使用权入股、联营等形式共同兴办企业。
2.在深圳经济发展很长一段时间里，政府曾下了很大力气招商引资，鼓励农民、其他外来人员与集体经济组织合作建设厂房等基础设施，吸引外商兴办“三来一补”企业。这些厂房等基础设施对深圳经济的发展是有贡献的，这些土地转变为集体建设用地是得到政府默许的。
3.这些厂房的兴建都是经过村、镇有关部门批准的，在当时，这种批准是有效的，因为城市规划管理部门还没有管到这里来。直到现在，也没有要求强制清拆，只是要求完善手续。在厂房里面开办的工厂也办理了营业执照和税务登记，并且正常经营，这种土地转变为集体建设用地实际上已得到社会的认可。
4.在政府颁布的征地拆迁补偿标准中，果园林木的补偿是考虑了林木预期若干年经济收益的，被拆迁人比较容易接受。兴建厂房，投资更大，预期经济收益也更大，但在征地拆迁补偿中却完全不予考虑，确实让被拆迁人很难接受。在征地拆迁实际中，对这样的问题很难使被拆迁人心服口服。
总之，对经营性的集体建设用地，应当区别不同情况适当参考收益状况进行评估，予以补偿，比较合情合理。
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