土地改革试点意见也强调农民自愿流转，如果农民认为市场价值不合适，可以不流转。依照农民自愿原则，确保改革不伤害农民利益。
在宅基地方面，文件首提“改革农民住宅用地取得方式，探索农民住房保障的新机制”。国务院发展研究中心农村部研究室主任张云华认为，“福利分配，免费使用”是农民住宅用地取得与使用制度，国家在很大程度上保护了广大农民的居住权利，与此同时，这种制度也造成许多农村中存在“一户多宅”和空心村现象，大量宅基地被闲置浪费。
“近年来，数亿农村人口进入城镇定居，未来若干年还将有上亿农村人口迁入城镇居住，越来越多的农宅将空置。在此背景下，农民住宅用地取得方式有必要进行改革。”张云华认为，“一方面应重点鼓励农民利用农村中原有的空闲农宅，对农民利用闲置农宅给予奖励或补贴，以经济激励来变废为宝，节约土地。另一方面应试点宅基地有偿取得与有偿使用制度，对城郊地区新申请宅基地实行有偿取得方式，对农村外来人员使用农宅，及农户多占宅基地的则实行有偿使用制度。”
李国祥认为，对于农民的宅基地方面，还是要加强管制，在一定范围内允许市场化。
在新型城镇化综合试点任务要求中，其中一项就是对宅基地制度改革的探索。中国农业大学土地资源管理系主任朱道林认为，“进城落户农民的宅基地在本集体经济组织内部流转，主要是考虑保证农村住房重点在于保障安居问题，目的是防止农村土地改革引起过度资本化，导致宅基地基本居住功能受到冲击。”
然而有观点认为，宅基地在集体内部流转对于农民财产价值实现不多。朱道林则认为，“农村宅基地毕竟是居住功能，没有必要过分追求土地资本的价值。土地资本价值过高，对经济发展和区域发展都是不利的。”土地改革试点意见也强调农民自愿流转，如果农民认为市场价值不合适，可以不流转。依照农民自愿原则，确保改革不伤害农民利益。以往一些地方农村土地改革的做法出现一些问题就是因为违背了农民的自愿原则，一些村集体过分追求改革成果而适得其反。
