征地矛盾突出最主要的原因就在于补偿标准过低。虽然近几年各省、自治区、直辖市制定的补偿标准均有所提高，但远远达不到“原有生活不降低、长远生计有保障”的水平。为了提高补偿数额，多数被征地农民会选择上访，长期辛苦努力却不能达到目的所产生的挫败感、被排斥感会使上访群众对政府甚至是社会产生负面情绪，严重者甚至会制造极端事件。因此，提高征地补偿标准，完善保障和安置办法，让农民共享更多的土地增值收益是征收的当务之急。
建立土地补偿基金及社会保障基金。从土地出让金中提取土地补偿基金是提高征地补偿标准的前提。目前，我国大部分省市均结合经济发展水平制定了平均年产值标准和区片综合地价。上述补偿方法是从公平的角度出发，以同地同价为基本原则建立的，虽然初衷是好的，但在实践中仍然产生了不少问题。例如，高产菜地与没有收益的土地按同样标准进行补偿反而使被征地农民产生不公平感。高投入却未能获得高回报，长此以往将不利于土地的利用。各省、自治区、直辖市应当在征地区片综合地价的基础上综合其他因素细化补偿标准，且每2-3年修正一次。使征地补偿与经济发展速度相连接。
建立社会保障基金是落实好被征地农民社会保障的前提。近年来，经济较发达地区逐步建立了被征地农民社会保障体系。但普遍存在不平衡、不公平、难落实等问题。将被征地农民优先纳入社会保障体系，且被征地农民社会保障不能简单地用低保和社会养老保险代替，对一部分被征地农民来说，解决当前生活问题更为迫切。另外，当前被征地农民社保的基本原则是“谁用地谁负责”。那么对于历史上大量征地遗留下来的未享受征地社保被征地农民来说，他们的保障该由谁负责？从土地出让金中提取出一定比例，建立被征地农民保障基金用以支付因失地而陷入生活困难的家庭的社保，这种做法无论是对失地农民还是对国家稳定都能够起到积极作用。
另外，留地安置虽然存在诸多问题，但是就我国当前的现状看，该制度仍然是保障失地农民的一项基本制度，不可轻易废除。应当从以下几个方面进行完善以充分发挥其保障功能。如：以补偿标准的高低确定合理的留地比例，补偿标准高的，可以降低留地比例，反之则可以提高；打破留地用途限制，只要符合城市规划，在有条件的地区，应当由农村集体自主决定留地用途；明确留地范围，充分考虑本地的实际情况，保证预留地的价值能够保障被征地农民“原有生活水平不降低，长远生计有保障”。另外，该范围要结合城市规划和土地利用总体规划的相关规定，避免出现留地闲置或影响城市整体布局等情况的出现。
