农村宅基地是集体土地， 与国有土地存在着本质的不同，而房地产评估理论是建立国有土地基础上的估价理论，在开展宅基地评估时会遇到一些困难。宅基地与国有土地的不同之处主要体现在以下几个方面：
（一）所有制不同
宅基地属于村集体，归同在一个村委会管辖下的全体村民所有，属于小集体，由村委会代行所有权；国有土地归全体国民所有，归同为中华人民共和国公民的全体人民所有，不区分城镇居民或农村居民，由国务院代行所有权，并由各地人民政府具体行使。
（二）使用权人不同
宅基地的使用权人一般是该村集体的成员，宅基地的流转只能在本村集体内部，不得流转给其他村集体的农村居民以及城镇居民；农村居民在城镇买房后，符合相关规定的可转为城镇户口，就不再是农村居民了。
（三）使用期限不同
宅基地一般没有明确的使用期限限制，可以世代相传；国有土地除了划拨土地，一般都有明确的最高出让年限限制，期限最长的住宅也就70年，虽然物权法规定了住宅建设用地使用权期届满后自动续期，但二者的使用期限还是存在重大的区别。
（四）出让方式不同
宅基地一般是历史遗留的，也有向村集体新申请的，但基本上都无偿使用，很少一并或按年交纳使用费；国有土地则有划拨、协议、招标、拍卖、挂牌等多种出让方式，除无偿划拨方式外，均需要交纳国有土地出让金。
基于上述的各种不同，城镇房地产评估与宅基地房屋评估有着很大的区别，很难将一般用于城镇房地产的估价方法和理论直接应用于宅基地房屋评估。
