我国人多地少，必须坚守耕地红线，对基本农田实行特殊保护。违法占用基本农田的违法性质、情节认定和法律责任与占用一般耕地等其他农用地是不同的。在查处违法用地过程中，必须准确判定是否占用基本农田，才能精准查处，落实对违法占用基本农田重点问责的要求。《国土资源违法行为查处工作规程》（简称《查处规程》）对如何准确判定违法用地是否占用基本农田作出了明确规定。
基本农田与基本农田保护区一样吗？
基本农田是指按照一定时期人口和社会经济发展对农产品的需求，依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地。省、自治区、直辖市划定的基本农田应当占本行政区域内耕地总面积的80%以上。
基本农田保护区是指为对基本农田实行特殊保护而依据土地利用总体规划和依照法定程序确定的特定保护区域。下列耕地应当划入基本农田保护区：经国务院有关主管部门或者县级以上地方人民政府批准确定的粮、棉、油生产基地内的耕地；有良好的水利与水土保持设施的耕地，正在改造或已列入改造规划的中、低产田；农业科研、教学试验田；集中连片程度较高的耕地；相邻城镇间、城市组团间和交通干线间绿色隔离带中的耕地。为基本农田生产服务的农村道路、农田水利、农田防护林和其他农业设施，以及农田之间的其他零星土地，可以划入基本农田保护区。
《国土资源部办公厅关于印发市县乡级土地利用总体规划编制指导意见的通知》（国土资厅发〔2009〕51号）明确规定：县级土地利用总体规划，应结合土地用途区确定，划定基本农田保护区；乡级土地利用总体规划，应将县级规划划定的基本农田保护区进一步落实到地块。
因此，可以看出，基本农田和基本农田保护区有密切联系：基本农田和基本农田保护区同样都是主要由耕地构成，都要实行严格保护，基本农田一般都位于基本农田保护区内，基本农田保护区的土地绝大部分都属于基本农田。同时，二者又有区别：基本农田是地块概念，必须落实到具体地块，一般由乡镇土地利用总体规划具体落实，划定到地块；基本农田保护区则是区域概念，基本农田保护区内以基本农田为主，但并非都是基本农田，除了基本农田外，还可能有少量零星的一般耕地、其他农用地、建设用地、未利用地等，基本农田保护区一般由县市级土地利用总体规划确定。
是否占用基本农田的判定依据是什么？
判定违法用地是否属于基本农田，应当以法定土地利用总体规划图件为依据。既然具体的基本农田是由乡镇级土地利用总体规划具体划定落实到地块的，因此，要以依法批准的乡镇土地利用总体规划图件为准，看违法占用的土地是否属于规划图上的基本农田地块。为此，《查处规程》明确：判定违法用地是否占用基本农田，应当将违法用地的界址范围（或者界址坐标）与乡（镇）土地利用总体规划纸质图件（或者数据库矢量图件）进行套合比对，对照所标示的基本农田保护地块范围进行判定。
占用规划图上的基本农田都须算吗？
违法用地位于乡镇土地利用总体规划图上标示的基本农田保护地块范围的，一般应当判定为占用基本农田。但需要注意的是，新一轮土地利用总体规划编制的相关规定明确：基本农田保护区划定中，可以多划一定比例的基本农田，用于规划期内补划不易确定具体范围的建设项目占用基本农田，包括难以确定用地范围的交通、水利等线性工程用地，不宜在城镇村建设用地范围内建设、又难以定位的独立建设项目（如防灾救灾建设、社会公益项目建设、城镇村重要基础设施建设、污染企业搬迁等）。
各地在划定基本农田时都相应多划了一定比例的基本农田，因此，并不是所有位于土地利用总体规划图上基本农田保护地块范围的建设项目都属于占用基本农田，需要具体区分情况进行判定：已列入土地利用总体规划确定的交通廊道或者已列入土地利用总体规划重点建设项目清单的民生、环保等特殊项目，在未超出规划多划基本农田面积额度的前提下，占用规划多划的基本农田时，按照占用一般耕地进行判定，不视为占用基本农田。
可以提请专业工作机构认定吗？
执法监察工作机构可以提请规划管理和耕地保护工作机构进行是否占用基本农田的认定。按照国土资源部门内设机构的分工，基本农田划定和管理一般由规划管理和耕地保护工作机构进行，因此，对于一些情况复杂无法准确判定所占用土地是否属于基本农田的情况，《查处规程》明确：执法监察工作机构可以提请规划管理和耕地保护工作机构进行认定。
