宅基地是农户用作住宅基地而占有、利用本集体所有的土地。宅基地制度确立于1986年，由于其兼具财产权与保障权双重属性，在该制度设立之初曾对农民权益保护起到过重要作用。然而，随着我国城市化与工业化进程的不断深入，该制度存在的问题日益凸显。主要包括以下几个方面：
一、按“户”分配引发的问题
为了保障农民的居住需要，宅基地制度采用按“户”分配的方式确定使用面积。农民在利益驱动下产生以“分户”的方式谋取额外利益的想法，而户籍管理制度的改革又使这种想法成为可能。一户多宅的情况大量出现，不仅造成土地资源的严重浪费，同时也使得部分家庭新增人口无法通过正常渠道申请获得宅基地，容易引发社会矛盾。
二、基本无流转引发的问题
上世纪九十年代末，为了遏制城市居民到农村购买土地建房或直接购买农民现房的情况，国务院办公厅发布了《关于加强土地转让管理严禁炒卖土地的通知》，该通知明确规定“农民的住宅不得向城市居民出售，也不得批准城市居民占用农民集体土地建住宅，有关部门不得为违法建造和购买的住宅发放土地证和房产证”。自此以后，相关国家政策均作出类似规定，“基本无流转”成为宅基地制度的一大特色。
然而现实生活中，随着城市化、工业化的不断深入，大量农村人口向城市涌入，尽管有关政策规定不再具有农村居民属性的人口，应当退还宅基地由集体重新分配，但是出于利益角度考量，村民很少会无偿退还宅基地。宅基地被闲置的情况严重。另一方面，随着农村基础设施的不断完善，城市居民为了缓解生活压力，满足对自然环境、人文环境的需求，也产生了购买农村宅基地的愿望，“宅基地基本无流转”明显不符合市场供求关系理论。隐形流动与交易大量存在却没有相关的法律、法规对其进行规范，成为相关法律的一大漏洞。
三、集中居住引发的问题
为了集约土地资源，有效的利用基础设施，集中建楼供村民居住已经成为新农村建设的一大特色。这种做法引发的问题主要有：
1、集中居住占用的土地如何补偿
农民集中居住需要使用他人的承包地或跨村组用地，必然会涉及土地承包经营权和土地所有权的调整的问题，而占用农民的土地应当由谁补偿、如何补偿成为农民集中居住用地的重要问题。
2、集中居住的土地如何确权登记
集中居住后，土地的所有权与使用权应如何确定？实践中主要有两种做法。一是跨组的确定给村集体，跨村的确定给乡镇集体。但是这种做法仍值得商榷，因为我国村和乡镇两级集体经济组织并不健全。二是将集中居住区用地转为国有土地，虚化土地所有权，强化土地使用权。这种做法相对简单问题较少。
3、集中居住后农民新增人员怎么办
根据土地管理法律法规的规定，农民家庭中新增加的人口如果符合宅基地申请条件，可以申请宅基地建房。该法律明确赋予的权利在集中居住的情况下却难以实现。
四、完善宅基地制度的建议
完善宅基地制度必须在允许宅基地使用权流转的前提下进行。宅基地使用权的流转不仅是市场经济的需要，同时也是保护宅基地用益物权的需要。作为农民依身份而获得的福利待遇。宅基地虽然具有保障权性质，但是从根本上来说，其更属于财产权，赋予农民自由处分的权利不仅能盘活宅基地，对提高土地利用率也具有积极意义。
在允许宅基地流转的前提下，改变原有按“户”分配的方式，按人头平均分配更能体现人人均等的价值取向。对于集中居住占用农民土地的，应当参照征地补偿办法，一次性给予补偿。失地农民为集体经济组织成员的，可以租赁或转包其他农民的土地耕种，也可以改变谋生方式到外打工。预留一部分土地或房屋解决新增人员住房问题。
