《农村土地承包法》第五十一条做出了原则规定:“因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会或者乡(镇)人民政府等调解解决。当事人不愿意协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。”根据这一规定，解决农村土地流转纠纷可以采取四种途径，即当事人协商、双方调解、仲裁机构裁决和法院诉讼。
一、当事人协商
协商解决纠纷，就是发生土地流转纠纷的当事人双方，采取其他方式解决纠纷之前，首先在自愿互谅的基础上，依照有关法律规定，直接进行协商，自行解决双方之间的纠纷。当然，在采取其他途径解决纠纷的过程中，只要双方当事人都愿意，还可以继续通过协商，达成协议，解决纠纷。采取协商的办法解决纠纷，可以大大减少双方当事人为解决纠纷所耗费的时间、精力和费用，有利于及时化解矛盾，维持双方当事人之间的正常关系。
二、双方调解
在土地流转纠纷中，双方当事人不愿意协商解决，或者通过协商未能解决纠纷(例如，协商达成解决纠纷的协议后，一方当事人反悔)的，可以通过调解的方式解决纠纷。调解是我国民间解决纠纷的一种传统的方式，通常由双方当事人自愿选择彼此都信任的第二人作为调解人，了解纠纷的情况，从中调解，说服当事人相互谅解、做出适当的让步后，双方达成一致，解决纠纷。
采取调解的方式解决土地承包经营纠纷，必须坚持自愿原则，在双方当事人完全自愿的基础上进行调解。调解人可以是任何单位和个人。一般办事公正、德高望重的人可以成为调解人主持调解，能够得到双方当事人的信任。《农村土地承包法》特别指出，当事人可以申请村民委员会、乡(镇)政府等调解解决纠纷。主要是考虑到，村民委员会作为村民自治组织，依法具有调解解决民间纠纷的职能。因为村民委员会熟悉情况，又具有一定的权威性，由村民委员会作为调解人，有利于及时、合理地解决纠纷。乡(镇)人民政府是农民的基层政权组织，承担着农村土地承包的基础管理工作，并掌握承包合同等基本资料，熟悉土地承包情况。由乡(镇)政府主持调解，特别是调解不属于同一个村集体经济组织的村民之间的土地承包经营纠纷时，更具有其他组织和个人不具备的公正性和权威性。因此，一般来说，同一村、村民小组的村民之间发生的土地承包经营纠纷，可由村民委员会调解解决;不同村的村民之间、村民与其他单位之间发生的土地承包经营纠纷，可由乡(镇)人民政府调解解决。
经过调解达成协议的，应当及时请双方当事人签订书面协议，并帮助和督促当事人自觉履行协议，彻底解决纠纷。不管由谁主持调解，通过调解达成的调解协议，都不具有强制执行的法律效力。双方都自愿履行的，协议顺利履行完毕后，纠纷得到彻底解决。达成调解协议后如果一方当事人反悔，不愿履行协议，或者经过调解最终没有达成调解协议的，当事人都可以申请农村土地承包仲裁机构仲裁解决，或者直接向人民法院起诉。
三、仲裁机构裁决
发生土地流转纠纷的当事人不愿意协商、协商未能达成一致，通过调解未能解决纠纷的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁。
考虑到劳动争议和农村土地承包纠纷具有一定的特殊性，《仲裁法》第七十七条:“劳动争议和农业集体经济组织内部的农业承包合同纠纷的仲裁，另行规定。”
从而明确了农村集体经济组织内部的土地承包经营纠纷，不适用《仲裁法》的规定。 土地承包经营是一种特殊的经济仲裁，与《仲裁法》规定的一般商事仲裁有所不同。《农村土地承包法》第五十一条规定:“土地承包经营纠纷的当事人都可以申请仲裁，没有明确区分农村集体经济组织内部的土地承包，还是集体经济组织以外的单位和个人的土地承包。目前，对农村土地承包经营纠纷的仲裁国家还没有统一的立法。”实际操作中，各地主要根据省、自治区、直辖市制定的地方法规和规章做出裁决，具体做法大体相同，但也有所差异。《农村土地承包法》第五十一条、第五十二条对农村土地承包经营纠纷的仲裁做出了原则性的规定，为制定全国统一的农村土地承包仲裁办法提供了立法依据和原则，有关部门正在制定农村土地承包仲裁的具体办法。
四、法院诉讼
在土地流转纠纷中，当事人对裁决不服的，可以在收到裁决书之日起30日内，以对方当事人为被告，向人民法院提起民事诉讼，通过诉讼方式保护自己的权益。
受理案件的人民法院应当按照《民事诉讼法》、《农村土地承包法》的规定，参考有关司法解释和有关农村土地承包的政策文件，对案件进行审理，查明事实，依法做出判决，维护双方当事人的合法权益。人民法院受理案件后应当依法直接做出判决，不是撤销裁决，要求仲裁机构重新进行仲裁。就是说，当事人对裁决不服向人民法院起诉后，裁决即自动失去了法律效力，由人民法院做出判决，解决纠纷。
综上所述
需要指出，前述解决土地承包经营纠纷的四种方式，诉讼解决方式是最终的解决办法。当事人双方协商、调解，不是申请农村土地承包仲裁机构仲裁的前置程序即不是起诉之前必经的一道程序。理论上说，当事人可以不经协商、调解，直接申请仲裁;同时，协商、调解、仲裁也不是向人民法院起诉的前置程序。出现土地承包纠纷以后，当事人可以不经协商、调解、仲裁的程序，直接向人民法院提起民事诉讼。
但在实践中，协商、调解、仲裁比较接近农民，程序简单，方便群众，及时有效，受到农民群众的欢迎。所以，大部分纠纷都能通过协商、调解、仲裁得以解决，向人民法院起诉的土地承包案件并不是很多。
