总体来说，农村土地使用制度改革的方向应是在坚持集体土地所有制基础上，在保障农村土地生产功能的前提下，有限度地放开集体土地市场，目的是满足农村土地资源合理流转与有效配置的要求，但必须严格实施土地用途管制和土地交易管理，清晰界定土地产权，有效保护土地合法权益。
合理配置资源的前提下放开集体土地市场
放开集体土地市场的根本目标是为了利用市场机制实现农村土地资源利用的合理配置，必须防止借农村土地市场化之机搞土地资本化和非农业开发，必须从制度上防止社会资本尤其是非农业生产目标的资本购买乃至炒作农村土地。对于集体农用地的流转，主要是为了满足进城人员的土地转出和适度规模经营的要求，其土地资产特性也主要体现农业生产过程中。对于集体建设用地，在严格规模控制和符合规划的前提下，主要用于开展与当地社会经济发展相适应的工商产业，严格禁止社会资本大规模开发乃至炒作。对于农村宅基地，其基本功能是满足当地农民的生产生活需要，可以流转，但当地农民或在当地从事农业产业经营者有优先购买权。
土地利用规划日趋重要
必须制定详细的土地利用规划，实施严格的土地用途管制。规划明确划分农业用地区和建设占地区，严格控制建设用地范围和规模，防止农地自主开发、投资开发对18亿亩耕地红线的冲击。
产权明晰是未来的主要方向
明晰界定土地所有权和使用权主体，并进行全面登记发证。这是利用产权机制进行农村土地保护的基本措施。对于农村土地权属主体，从法律上既赋予其可以按用途经营使用、按生产功能享受财产的权利，又要明确其保护土地自然性状、防止土地被占用甚至被破坏的义务。
土地财产税制体系建设迫在眉睫
尽快建立土地财产税制体系。对农用地转为建设用地的价格增值应予以征税，对长期用于农业生产的农用地免征地产税，从税收制度上鼓励农业生产，制约非农业开发，保护农用地。
农村土地制度改革是实现城乡统筹发展的关键，也是实现城镇化与农业现代化的重要内容。在城镇化和农业现代过程中，需要有限度地放开农村土地市场，其核心目标是利用市场机制实现资源有效配置与合理利用，但必须以保障农地生产功能为前提，严格防止城市土地资本化开发转移到农村，必须严格地实施土地用途管制制度，并建立清晰的产权制度和科学的财产税收体系，形成农地资源与财产保护的有效机制。
