对于进城打工落户城镇的农民，其在农村取得的宅基地应该登记发证。
宅基地使用权的主体具有特殊性。一般来说只有本集体经济组织的成员才能取得宅基地，因此也只能登记给本集体经济组织成员。但是，进城打工落户城镇的农民原在农村取得的宅基地属于特殊情况，应予登记发证，理由如下：
一是户籍的改变不能改变财产权的归属。2008年10月12日《中共中央关于推进农村改革发展若干重大问题的决定》明确规定“依法保障农户宅基地用益物权”。只要是农民合法取得的宅基地，都应当予以保护。宅基地使用权是农民的财产权，其户籍改变了，不影响其已经取得的财产权的归属。
二是国务院办公厅的文件明确要求是否放弃宅基地应当尊重农民意愿。《国务院办公厅关于积极稳妥推进户籍管理制度改革的通知》（国办发〔2011〕9号）规定：“农民的宅基地使用权和土地承包经营权受法律保护。现阶段，是否放弃宅基地和承包的耕地、林地、草地，必须完全尊重农民本人的意愿，不得强制或变相强制收回。引导农民进城落户要遵守法律法规和国家政策，充分考虑农民的当前利益和长远生计，不能脱离实际，更不能搞强迫命令”。根据此通知的精神，农民工落户城镇仍然可以拥有宅基地，仍然对承包的耕地、林地、草地享有承包经营权。因此可以对其宅基地进行登记发证。
三是《国土资源部、中央农村工作领导小组办公室、财政部、农业部关于农村集体土地确权登记发证的若干意见》(国土资发〔2011〕178号）规定非农业户口居民原在农村合法取得的宅基地可以登记发证。该文件规定：“非农业户口居民（含华侨）原在农村合法取得的宅基地及房屋，房屋产权没有变化的，经该农民集体出具证明并公告无异议的，可依法办理土地登记，在《集体土地使用证》记事栏应注记‘该权利人为非本农民集体成员’”。因此进城打工落户城镇的农民原在农村取得的宅基地可以登记发证。
四是不少地方出台了类似的规定，实践中已经给对落户城镇的农民原在农村取得的宅基地进行了登记发证。如《杭州市人民政府办公厅关于加快推进宅基地使用权登记发证工作的通知》（杭政办函〔2009〕173号）规定：“原集体经济组织成员经审批取得宅基地，后因集体经济组织机构调整而转到其他集体经济组织，或因工作、学习等原因离开本集体经济组织或转为城镇户口，其宅基地仍在继续使用并符合相关规定的，可确定宅基地使用权。宅基地面积超出相关规定的，对超出部分不予登记”；《重庆市国土房管局关于解决新一轮农村土地房屋登记发证工作若干问题的指导意见（试行）》（渝国土房管发〔2010〕86号）:“城镇居民原在农村合法取得的宅基地及房屋，其房屋产权没有变化的，可依法确定其宅基地使用权和房屋所有权，其《房地产权证》记事栏应注记‘该权利人为非农业户口居民’”。
