我们说现行的农村宅基地制度基本上是符合农村实际的，是有利于农民生产生活展开的，但是并不意味着否定其存在的诸多问题。我国宅基地制度是在大集体时期形成的，这几十年下来，随着农村各项制度的变革及乡村社会经济的快速发展，宅基地制度在农村的实践过程中积累了各种各样的问题，概括而言，宅基地问题有几种：
第一种是所谓的空心村问题。所谓的空心村，指的是原来村庄内部的房屋由于农民的搬迁而被废弃，同时在老村的外围或临近的交通线路附近建起新的农房。也就是说，村庄的边界在不断向外围扩展，同时老村子呈现出越来越衰败，因而村庄的宅基地占地面积越来越大，甚至向耕地区域蔓延。此外，空心村还有一个涵义就是，由于大量的农民到外地去城市打工，他们的房屋一年中大部分时间都闲置，这也形成了另外一种类型的空心村。
第二种是所谓的一户多宅问题。按照我国的宅基地管理规定，农村实行一户一宅。但是，各地农村在实际的过程中，还是出现了一户多宅的现象。一户多宅在不同区域的农村表现的程度不一样，在华北平原地区，宅基地管理一向来较为规范和严格，因此一户多宅的现象并不多见，而在丘陵地区及山区农村，人口居住本来就较为分散，乡村组织都没有多大的动力去管，因此一户多宅的现象相对更多一些。
第三种是所谓的分散居住问题。农民分散居住带来的问题是增加公共品供给的成本，这应该是我国农村地区普遍面临的问题。当然，不同的农村地区居住分散的程度是不一样的。在北方平原地区，基于各种原因其居住是较为集中和紧密的。而在成都平原及南方丘陵地区，农民的居住分散程度则要高得多。
那么如何来看待以上的这些问题呢？我们认为，这些问题都具有复杂的成因。
其一，就空心村来看，之所以出现空心村，首先是经济发展本身的规律产生的，正是由于市场经济在农村的扩展，农民大量地涌入城市务工，由此就出现了农民赚钱在家里建房却绝大部分时间闲置的问题。同时，经济的发展也促使农民对居住的条件要求复杂化，以前农民随便找一个地方建房子，只要对农业生产没有妨碍，现在必须要交通条件好的地方才建房子，农民不仅仅要从事农业，也要考虑到其他的诸如子女上学、上街购物等等方面。再加上长期以来，我国的村镇规划受到忽视而缺位，农民只能是自己选择自认为方便的地方建房子，这就导致了原有村庄的空心化。因此，空心村问题的化解，很大程度上要建立起科学的村镇规划体系。
其二，就一户多宅看，真正的一户多宅现象到底有多严重，从已有的数据中很难看出来，倒是我们在基层的调查能够反映出一些问题。依据我们在农村的观察，一户农民真正在村庄内部有两栋房子的并不多，有的之所以有两个宅基地，往往是有一个宅基地建了房子并且正在居住使用，另外一个宅基地要不建有旧房子供老人居住或者堆放杂物，要不是房子塌了长满杂草或者农民又主动在上面种树种菜。因此，农村的一户多宅现象可以推测根本不是一个很大的问题。而就出现的一户多宅情况看，比如说空心村形成的一户多宅，其原因是宅基地管理及村镇规划方面的问题导致的，有的还有农村土地权属复杂如祖业权等等因素引发。至于农民在村庄内主动去扩张自己的宅基地，在广大的中西部农村地区根本就不存在，因为这些地方的宅基地毫无价值可言。
其三，就分散居住看，其形成的原因有几个方面。农民之所以选择分散居住，多是出于理性的算计。决定农民集中居住还是分散居住，首先就是当地的自然地理条件，北方旱作平原地区有利于农民集中居住，而南方稻作水田地区则农民居住要分散些。其次则是农业生产的便利性。传统社会是典型的农业社会，农民建房首要考虑的还是方便农业生产，在道路、技术等因素的约束下，存在一个最优的耕作半径的问题，如此部分农村地区就选择了分散居住，比如说成都平原的坝子式的居民点布局即是明证。其三，则是农民的合作需要，为了完成农业生产过程，单户的农户具有局限性，必须要有一定数量的农民合作，同时这个合作的范围也是有限的。就此几种原因，农民分散居住在农业社会具有相当的合理性。
