实践中，因宅基地使用权而发生的纠纷在民事纠纷中比较常见。对宅基地使用权纠纷应按下列原则妥善处理：
原则一 ：依法保护国家、集体的宅基地所有权
我国土地分别属于国家和集体所有。根据《土地管理法》的规定，土地改革前的旧契约不能作为土地权属的依据。处理宅基地(土地)纠纷，应切实保护国家和集体的土地所有权。属于国家或集体所有的宅基地，集体组织或个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让。
原则二：依法保护公民、法人合法取得的宅基地使用权
根据《土地管理法》的规定，使用国有土地的单位或者个人，由县级以上人民政府登记造册，核发证书，确认使用权。土地使用权受法律保护，任何单位或者个人不得侵犯。农村居民建住房，应当使用原有的宅基地和村内空闲地。使用耕地的，由乡级人民政府审核后，报县级人民政府批准。未经批准的，不予保护。法人、公民合法继承的宅基地使用权除经统一规划或个别调整外，长期不变。另外，宅基地使用权包括合法取得和合法使用两个方面。对非法扩大、抢占宅基地甚至耕地的行为应依法宣布其无效，并可给予法律制裁。在使用宅基地过程中，妨碍公共利益，侵害他人房屋、通行、排水、通风、采光等相邻权的，应依法承担民事责任。
原则三：宅基地使用权随房屋转移的原则
农村房屋发生买卖、继承、赠与等法律事由的，其所占宅基地的使用权随房屋所有权而转移。1984年最高人民法院《关于贯彻执行民事政策法律若干问题的意见》中规定：“公民在城镇依法买卖房屋时，该房屋宅基地的使用权应随房屋所有权一起转归新房主使用。”关于办理农村房屋宅基地使用权转移手续问题，实践中应注意掌握一个时间界限，即在1982年《村镇建房用地管理条例》发布之前，农村房屋买卖中宅基地使用权均随房转移，无须办理批准手续;但自该《条例》之后，宅基地使用权须经过申请批准后方可随房转移。未经审查批准，宅基地使用权不能随房转移给买方，房屋买卖亦无效，但买主可将房屋拆走。村民迁居或者拆除房屋后腾出的宅基地，由集体收回使用，另作统一安排。但在农村合法继承的房屋，其宅基地使用权可以随房屋所有权而转移。
原则四：尊重历史、面对现实，有利于生产、生活的原则
我国对土地、山林大体上进行了四次确权，即土改、合作化、1962年“四固定”、1982年《宪法》颁布前后土地权属的重新登记。在处理土地、山林纠纷时，一般应以“四固定”确定的权属为准，任何以其他理由而否认“四固定”时的确权均不予以支持;如果“四固定”时未确权的，发生纠纷应参照合作化或者是土改时确定的产权处理。在解放后，已通过双方协商并达成合法协议或经上级处理决定或经人民法院裁决了宅基地的权属，具有法律效力。经过统一规定的宅基地，如果对宅基地的使用权发生纠纷，一般应以规划确定的使用权为准。未经规划的宅基地，对地界有争议的，可以参照土改时的确权情况处理。土改确权是对房屋宅基地的确权，但自1962年《农村人民公社工作条例修正草案》公布后，土改时确认的农村个人宅基地所有权即丧失法律效力，但宅基地的使用权仍归原所有人。依照最高人民法院解释的规定，如果原来四至明确的，应以四至为准;四至不明确的，应参照长期以来的实际使用情况，本着有利于生产、方便生活的原则合理地解决。
原则五：促进经济发展，维护社会稳定的原则
土地的使用和经营管理情况直接影响到生产和经济发展。及时、正确地处理好宅基地纠纷，能够促进经济的发展。发生宅基地纠纷时，首先应做好思想工作，并采取及时、慎重的措施，防止矛盾激化，依法合理地妥善予以解决，维护社会的安定团结。
