集体土地流转涵盖两个层面，且存在首次流转与再次流转之分：
一是土地所有权的流转，只能从集体所有土地流转到国家所有土地，是单向性的流转，也是首次和唯一一次次数的流转。因为根据《宪法》第10条第1款和第2款的规定可知，城市的土地属于国家所有。农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于集体所有；宅基地和自留地、自留山，也属于集体所有。土地所有权的属性有且只有两种，即国家所有和集体所有，不可能出现其他第三者所有。
二是土地使用权的流转，在保留集体土地所有权不变的情况下，集体土地的所有者可以将其一定期限的土地使用权流转给符合法律规定的人使用，同时在合法的前提下，该人也可以再次流转集体土地的使用权给其他人使用。因此，集体土地使用权的流转，存在首次流转与再次流转之分。
而《土地管理法》第63条的但书部分，是集体土地使用权的再次流转，而不是首次流转，在乡镇企业依法从集体土地所有者那里获得土地使用权时，是集体土地所有者将土地使用权首次流转给乡镇企业使用，乡镇企业因《土地管理法》第63条但书部分规定的破产、兼并等情形，可以依法将土地使用权再次流转给其他人。
因此，集体土地的流转，并不仅仅只是指从集体所有的土地经依法征收等流转成国家所有的土地，还包括集体所有的土地使用权从集体所做者处首次流转到乡镇企业等土地使用者处，而乡镇企业等土地使用者又可依法将其享有的集体土地使用权再次流转给第三人使用。而这三种类型的集体土地流转，适用的法律条件、程序、方式、障碍，以及法律后果等各不相同，不能混淆。
