虽然“首次流转”和“再次流转”都可以实现土地有偿使用，但两者间有着重要的区别：
(1)所谓的“首次流转”，实质上是土地使用权与土地所有权的初次分离。在我国现行土地制度下，这种分离与建设用地使用权的取得实质上属于同一过程，通常会涉及到土地用途的改变和土地利用规划的实施。因此，集体建设用地使用权与所有权分离的前提是政府依法审批。虽然“首次流转”中土地所有者与使用者之间的流转协议，最终还要经人民政府的批准，但这种批准是被动的、形式上的，很难体现审批的真正意图。在政府审批把关不严的情况下，很可能导致大量土地在乡(镇)政府的操作下涌入市场，耕地保护将更加艰难。而“再次流转”仅限于建设用地使用权的流转，一般不涉及到农地的转用问题和规划的变更，也无需政府审批。以所谓的“首次流转”获得建设用地使用权的做法，实质上是规避政府审批的非法占地行为。
(2)“首次流转”主要发生在集体土地所有者与土地使用者之间，通常是在地方政府的操作下进行。其结果通常是增加建设用地的供给总量，而不是提高现有存量建设用地的利用率;而“再次流转”是对存量建设用地使用权的重新分配，其结果是使目前利用效率较低的土地资源得到更加充分、合理的利用，并不会增加新的建设用地。
(3)“首次流转”如果监管不力，极易造成土地供给失控，产生严重的社会后果;而“再次流转”比较容易监控，以通过流转合同、土地使用权变更登记、税收、价格等手段予以监控。
基于上述区别，笔者认为集体建设用地土地使用权流转是指存量建设用地使用权在集体建设用地使用者之间的流转，而不应包括土地所有者与土地使用者之间所谓的首次流转。就像国有土地使用权出让不同于转让，农村土地承包经营中的发包不同于转包一样，它们遵循的是不同的规则，有不同条件和要求。准确界定“流转”的含义，对于我国集体建设用地使用权流转制度的建立，对于未来国家进行土地市场的宏观调控和监管，以及对于土地资源的合理利用与保护，都具有十分重要的意义。
