法律规定
市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。
市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。
1、从上述法律规定不难看出，该条第1款明确要求市、县级人民政府及其下属的城乡规划部门应当尽职尽责，加强对辖区内建设活动的监督管理，对违反城乡规划建设的，依据《城乡规划法》依法予以处理。之所以这样规定，是因为《国有土地上房屋征收与补偿条例》颁布实施以前，很多地方政府的房屋拆迁活动中，拆除违章建筑经常被异化为提高搬迁效率，降低拆迁成本的促迁手段，甚至于对违章建筑的范围随意扩大，由此引发大量矛盾乃至群体事件。因此该法律条款强调违章建筑的认定与处理属于城乡规划部门的常设职责，且在征收前先行对违章建筑调查、认定、处理，既可以防止拆违矛盾异化为征收矛盾，也可以避免地方政府利用拆违的名义违法拆除民房。
2、依据该条第2款规定，市、县级人民政府应当组织土地、建设、规划、房产等有关部门对征收范围内的未登记房屋进行调查、定性、和处理，且该工作应当在市、县级人民政府作出房屋征收决定前完成。
（1）未登记房屋的调查：调查拟征收范围内未经登记房屋的数量、建造年月、是否部分取得审批手续及是否严重影响城市规划、未超过批准使用年限的临时建筑的剩余使用年限等。
（2）未登记房屋的定性：根据调查结果确定未经登记的房屋是属于违法建筑的未经登记建筑、可以进行合法性补正的未经登记建筑、可以视为合法建筑的未经登记建筑、可以参照合法建筑适当补偿的未经登记建筑、未超过批准使用年限的临时建筑、还是超过批准使用年限的临时建筑。
（3）未登记房屋的处理：城乡规划部门对定性为违法建筑的未经登记房屋有权限期拆除，对可以进行合法性补正的未经登记建筑可以责令限期改正并处罚款。
3、市、县级人民政府作出房屋征收决定后，对征收范围内的未登记房屋，根据有关部门的前置调查、定性结果区别处理：
（1）违法建筑与超过批准使用年限的临时建筑不予补偿；
（2）可以进行合法性补正的未登记建筑先补齐相关手续并缴纳罚款后作为合法建筑予以补偿；
（3）可以视为合法建筑的未登记建筑作为合法建筑予以补偿；
（4）可以参照合法建筑适当补偿的未登记建筑根据补偿方案予以部分补偿；
（5）未超过批准使用年限的临时建筑作为合法临时建筑予以补偿。
4、从法律意义上来说，“违反城乡规划进行建设”的违法建筑仅指建设当时违反《城市规划条例》、《城市规划法》或者《城乡规划法》之规定的建筑物。城乡规划部门在调查过程中发现违法建筑的存在时，应当分两种情况进行处理：
（1）未取得任何审批许可并严重影响城市规划的，限期拆除；（不予补偿）
（2）一般影响城市规划，尚可以采取改正措施的，责令限期改正并处以罚款。（根据不同情况依照补偿方案予以适当补偿）
总结
因此，在国有土地上的房屋征收过程中，不予补偿的未登记房屋只有两种情况：
1、被城乡规划部门认定为违法建筑的未取得任何审批许可并严重影响城市规划的未登记房屋，由城乡规划部门责令限期拆除；
2、超过批准使用年限的临时建筑。除此之外的未登记房屋应当根据不同情况分别予以补偿或者适当补偿。
