经国务院批准，2015年8月10日，财政部、海关总署和国家税务总局印发了《关于对化肥恢复征收增值税政策的通知》(财税〔2015〕90号)，规定自2015年9月1日起，对纳税人销售和进口的化肥，统一按13%税率征收增值税，原有的增值税免税和先征后返政策相应停止执行。
自1994年以来，国家对国内生产流通和进口的部分化肥品种一直实行免征或者先征后返增值税等优惠政策，在保障化肥供应、稳定农资价格、支持农业生产等方面发挥了积极作用。但随着形势的发展变化，上述政策的弊端日益显现。一方面，化肥增值税优惠政策是在我国化肥供不应求、国家对其实行价格管制、增值税抵扣链条不完整的背景下出台的，当前市场和政策环境都发生了较大变化，化肥价格管制已经全面放开，供求关系已经由供不应求转为产能过剩，且随着营业税改征增值税改革试点的推进，化肥企业的进项税抵扣越来越充分，继续对化肥实行增值税优惠政策的必要性不大。另一方面，从政策执行情况看，农民和企业实际受益不大，还带来了重复征税和政策不统一等问题，特别是化肥产能过剩和过度施用问题日益突出，要求取消化肥增值税优惠政策的呼声越来越强烈，部分化肥生产企业也建议尽快恢复征税。为了落实中央农村工作会议关于把过量使用的农业投入品尽快减下来的要求，顺应形势的发展变化，解决政策执行中出现的问题，有必要适时停止执行化肥增值税优惠政策。
当前，化肥价格处于相对低位，市场供应充足、竞争充分，为化肥增值税优惠政策的调整提供了有利契机。同时，国家对有机肥仍然在生产流通全环节实行免征增值税政策，有利于鼓励有机肥的生产和使用，优化用肥结构，促进农业可持续发展。此外，由于国家设有农资综合补贴并动态调整等制度安排，即使化肥价格出现一些波动，调整化肥增值税优惠政策对正常的农业生产和农民增收不会产生大的影响。
