大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸盐含量超标，而亚硝酸盐与胺类物质结合形成N-亚硝酸基化合物为强致癌物质。还易造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。长期施用化肥易加速土壤酸化，加速Ca、Mg从耕作层淋溶，从而降低盐基饱和度和土壤肥力。
化肥污染防治措施
1、强化环保意识，加强监测管理
加强教育，提高群众的环保意识，使人们充分意识到化肥污染的严重性，调动广大公民参与到防治土壤化肥污染的行动中。注重管理，严格化肥中污染物质的监测检查，防止化肥带人土壤过量的有害物质。制定有关有害物质的允许量标准，用法律法规来防治化肥污染。
2、增施有机肥，改善理化性质
施用有机肥，能够增加土壤有机质、土壤微生物，改善土壤结构，提高土壤的吸收容量，增加土壤胶体对重金属等有毒物质的吸附能力。可根据实际情况推广豆科绿肥，实行引草入田、草田轮作、粮草经济作物带状间作和根茬肥田等形式种植。另外，作物秸秆本身含有较丰富的养分，推行秸秆还田也是增加土壤有机质的有效措施，绿肥、油菜、大豆等作物秸秆还田前景较好，应加以推广。
3、普及配方施肥，促进养分平衡
根据作物需肥规律、土壤供肥性能与肥料效应，在以有机肥为主的条件下，产前提出施用各种肥料的适宜用量和比例及相应的施肥方法。推广配方施肥技术可以确定施肥量、施肥种类、施肥时期，有利于土壤养分的平衡供应，减少化肥的浪费，避免对土壤环境造成污染。
4、应用硝化抑制剂，缓解土壤污染
硝化抑制剂又称氮肥增效剂，能够抑制土壤中铵态氮转化成亚硝态氮和硝态氮，提高化肥的肥效和减少土壤污染。据河北省农科院土肥所贾树龙研究，施用氮肥增效剂后，氮肥的损失可减少20%~30%。由于硝化细菌的活性受到抑制，铵态氮的硝化变缓，使氮素较长时间以铵的形式存在，减少了对土壤的污染。
5、采取多管齐下，改进施肥方法
深施氮肥，主要是指铵态氮肥和尿素肥料。据农业部统计，在保持作物相同产量的情况下，深施节肥的效果显著；氮铵的深施可提高利用率31%~32%，尿素可提高5%~12.7%，硫铵可提高18.9%~22.5%。磷肥按照旱重水轻的原则集中施用，可以提高磷肥的利用率，并能减少对土壤的污染。还可施用生石灰，调节土壤氧化-还原电位等方法降低植物对重金属元素的吸收和积累，还可以采用翻耕、刻土深翻和换土等方法减少土壤重金属和有害元素。
