小麦常见的病害是根腐病、叶锈病和白粉病。叶锈病一般是小麦发育期的主要病害，一般在5月发生。白粉病和根腐病主要发生在降雨量大、田间湿度大的麦田中。常见的虫害是蚜虫、吸浆虫和麦蜘蛛。蚜虫一般是在小麦返青后出现，吸浆虫出现在4月中下旬，麦蜘蛛主要是在3、4月发生严重。
小麦病虫害主要是以预防为主，常见的预防方法如下：
1.及时排水：小麦要做好排水工作，减少耕作层滞水是防止小麦湿害的主攻目标。特别是冬春雨水频繁的时候，一定要保证小麦没有积水。
2.增施肥料：对湿害较重的麦田，做到早施巧施接力肥，重施拔节孕穗肥，以肥促苗升级。冬季多增施热性有机肥。
3.护叶防病：锈病、赤霉病、白粉病发生后及时喷药防治，此外可喷施"802"助壮素、植物抗逆增产剂、迦姆丰收液肥、惠满丰、促丰宝、万家宝等。也可喷洒"植物动力2003"10ml对清水10L，隔7～10天1次，连续喷2次。提倡施用多得稀土纯营养剂，每50g对清水20～30L喷施，效果好。
4.选择抗病品种：可以选择人工培育的优质小麦，在常发重病地区，对品种的抗性要求要高一些，在一般发病区可低一些。
小麦的病虫害在初发时期防治的效果更好，如果整株叶、茎、穗大部分都发病的情况下，喷药基本没有效果。
