孔雀鱼既不是胎生也不是卵生，而是卵胎生。卵胎生指动物的卵在母体内发育成新的个体后才产出母体的生殖方式，受精卵虽是在母体内发育成新个体，但其营养物质仍然依靠卵自身所含的卵黄供给，与母体没有或只有很少的营养联系。
孔雀鱼容易辨别雌雄。雌鱼腹部比较大，在肛门前方有一块透明的胎斑，在快生殖的时候胎斑成黑色。而雄鱼腹部较小，瘦长，最关键的就是其臀鳍演变出交接器，用于繁殖时候输送精子用。
孔雀鱼繁殖不分季节，即使是冬季也能正常生产。孔雀鱼繁殖时要选择一个较大的水族缸，繁殖温度应该保护在为26-28摄氏度，pH6.8-7.4，同时要多种一些水草，以保证小鱼的生存，然后按1雄比4雌的比例放入种鱼。
孔雀鱼发情后，雌鱼腹部逐渐膨大，出现黑色胎斑，雄鱼此时不断追逐雌鱼，雄鱼的交接器插入雌鱼的泄殖孔时排出精子，进行体内受精。雌孔雀鱼经过四到六周的怀孕期会生下20-40只幼鱼，产仔后要立即捞出母鱼，否则母鱼有可能吃掉鱼仔。
